Омарова аккенже бердихановна

103 
Кесте 17 – ДНҚ концентрациясын өлшеу нәтижелері 
Өсінді 
атауы 
Нуклеин 
қышқылы 
(ng/uL) 
A260/A280 
A260/A230 
A260 
A280 
Нуклеин 
қышқылы 
факторы 
10/20/2016 
12:58:49 
PM 
2-1С3 
63.511 
1.737 
1.100 
1.270 
0.731 
50.00 
10/20/2016 
1:00:00 PM 
4-2M 
58.206 
1.799 
1.764 
1.164 
0.647 
50.00 
10/20/2016 
1:00:58 PM 
4-3M 
58.892 
1.707 
0.945 
1.178 
0.690 
50.00 
10/20/2016 
1:01:48 PM 
4-7M 
88.411 
1.735 
1.096 
1.768 
1.019 
50.00 
10/20/2016 
1:02:37 PM 
5-2M 
48.732 
1.798 
1.532 
0.975 
0.542 
50.00 
10/20/2016 
1:03:29 PM 
5-5M 
68.730 
1.761 
1.228 
1.375 
0.780 
50.00 
10/20/2016 
1:04:14 PM 
6-5M 
64.025 
1.823 
1.900 
1.281 
0.702 
50.00 
10/20/2016 
1:04:57 PM 
6-10M 
44.106 
1.820 
1.576 
0.882 
0.485 
50.00 
10/20/2016 
1:05:48 PM 
7-1M 
39.857 
1.845 
1.573 
0.797 
0.432 
50.00 
10/20/2016 
1:06:35 PM 
7-4M 
50.900 
1.784 
1.456 
1.018 
0.571 
50.00 
10/20/2016 
1:07:22 PM 
7-8M 
42.232 
1.809 
1.927 
0.845 
0.467 
50.00 
10/20/2016 
1:08:12 PM 
8-2M 
47.421 
1.827 
1.695 
0.948 
0.519 
50.00 
10/20/2016 
1:09:00 PM 
8-4M 
72.964 
1.720 
1.015 
1.459 
0.848 
50.00 
10/20/2016 
1:09:46 PM 
8-9M 
73.490 
1.722 
1.137 
1.470 
0.853 
50.00 
10/20/2016 
1:10:29 PM 
9-2M 
84.340 
1.707 
1.052 
1.687 
0.988 
50.00 
10/20/2016 
1:11:21 PM 
9-3M 
95.669 
1.713 
1.061 
1.913 
1.117 
50.00 
Алғашқы зерттеулерден ДНҚ бөліп алу үрдісі дұрыс жүргізілмеген 5 
өсіндімен жұмыс қайта жүргізілді. Электрофероз нәтижесі 9 суретте төменде 
көрсетілген. 

104 
 
Сурет 9 – Оң нәтиже бермеген штаммдармен қайта жүргізілген электрофорез 
нәтижесі
 
Бұл ретте 015к-1, 6-2М, 7-1М, 8-1С, 9-2М өсінділерінің алынған ДНҚ 
концентрациясы тағы да төмен болды. Яғни 015к-1 үшін – 35,2; 7-1М – 20,8; 8-
1С – 20,1; 9-2М үшін 31,11 көрсетті. Алайда бұл өсінділер секвенирлеуге 
жіберу үшін арнайы қайта дайындалды. Сәйкесінше 015к-1 үшін 6 µl сынамаға
0,5 µl праймер және 3.5 µl су қосылып, 7-1M өсіндісі үшін 9 µl сынамаға 0,5 µl 
праймер және 0.5 µl су; 8-1C, 9-2M өсінділері үшін 6 µl сынамаға 0.5 µl 
праймер және 3,5 µl су қосылып әзірленді.
Зерттелген штаммдардың таксономиялық қасиеттерінің желілігін 16S р-
РНҚ пайдалана отыра зерттеу нәтижелері өсінділерді 100 пайыз түрге дейін 
ажыратуға мүмкіндік берді. Хаттама бойынша тазартылып, дайын болған 
өсінділер GATC Biotech компаниясында секвенирленді. 
5-2M өсіндісі >16_3063_P00_009F_9 sequence exported from 9.ab1
CCTAATACATGCAAGTCGAGCGAGCAGAACCAGCAGATTTACTTCGGTAATGANGCTGGG 
GACGCGAGCGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGGAACCTGCCCCATAGTCTGGGATACC 
ACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGGATAAGAAAGCAGATCGCATGATCAGCTTATAAAAG 
ACGGCGTAAGCTGTCGCTATGGGATGGCCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGCAAGGTAAC 
GGCTTACCAAGGCAATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACATTGGGACTG 
AGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAG 
TCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTG 
GTGAAGAAGGATAGAGGTAGTAACTGGCCTTTATTTGACGGTAATCAACCAGAAAGTCAC 
GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTAT 
TGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGAAGAATAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTAACC 
GAGGAACTGCATCGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAACTCCATGT 
GTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTC 
TGCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT 
CCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGAGGTTTCCGCCTCTCAGTGCTGCAGCT 
AACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGA 
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA 
CCAGGTCTTGACATCTAGTGCCATCCTAAGAGATTAGGAGTTCCCTTCGGGGACGCTAAG 
ACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTC 
Lbc. helveticus 99.71 % 
015k-1 
6-2M 
7-1M 
8-1C 
9-2M 
FD1 
RP 2 
616V 
630R 

105 
5-5M>16_3063_P00_010F_10 sequence exported from 10.ab1
GATGCTAATACCGCATAATAATCAAAACCACATGGTTTTGATTTCAAAGATGGCTTCGGC 
TATCACTACAGGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAG 
GCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGAACTGAGACACGGTCC 
ATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGC 
AACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTGAAGAAGAACGT 
GCGTGAGAGTAACTGTTCATGCAGTGACGGTATTCAACCAGAAAGTCACGGCTAACTACG 
TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAG 
CGAGCGCAGGCGGTTACTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGAAGAAGTGCA 
TCGGAAACTGGGTGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGA 
ATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGCAACTGACG 
CTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAA 
ACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTCCGCCTTCATGCCGGAGCTACGCATTAGCCTCC 
Lbc. pontis 99.75% 
>16_3063_P00_011F_11 sequence exported from 11.ab1 6-12M 
TGCAAGTCGAGCGCACTGGCCCAACTGATATGACGTGCTTGCACTGATTTGACGATGGAT 
TACCAGTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGGAGCGGGGGATA 
ACATTTGGAAACAGATGCTAATACCGCATAATAATCAAAACCACATGGTTTTGATTTCAA 
AGATGGCTTCGGCTATCACTCCAGGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTA 
ACGGCTTACCAAGGCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGAAC 
TGAGACACGGTCCATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCA 
AGCCTGATGGAGCAACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGT 
TGAAGAAGAACGTGCGTGAGAGTAACTGTTCATGCAGTGACGGTATTCAACCAGAAAGTC 
ACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTT 
ATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTACTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAA 
CCGAAGAAGTGCATCGGAAACTGGGTGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCAT 
GTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGG 
TCTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTA 
GTCCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCCGGAG 
CTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATT 
GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCTACGCGAAGAACCT 
T 
Lbc. pontis 100.0% 
>16_3063_P00_012F_12 sequence exported from 12.ab1 7-4M 
TGCCTAATACATGCAAGTTGAGCGCTGAAGGTTGGTACTTGTACCAACTGGATGAGCAGC 
GAACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGA 
ATGCTAATACCGCATAAAAACTTTAAACACAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCAT 
CACTCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCG 
ATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAA 
CTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAAC 
GCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGG 
TGAGAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTG 
CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCG 
AGCGCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTG 
GAAACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATG 
CGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTG 
AGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG 
ATGAGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACT 
CCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA 
GCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATA 
CTCGTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGG 
Lactococcus lactis subsp. hordniae 99.90% 
>16_3063_P00_013F_13 sequence exported from 13.ab1 7-8M 
CTAATACATGCAAGTTGAGCGCTGAAGGTTGGTACTTGTACCGACTGGATGAGCAGCGAA 
CGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGAATG 
CTAATACCGCATAAAAACTTTAAACACAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCATCAC 
TCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGATG 
ATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTC 
CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCC 
GCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGGTGA 
GAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCA 
GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGC 
GCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTGGAA 
ACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGT 
AGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTGAGG 
CTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG 
AGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCG 

106 
CCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG 
GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTC 
GTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGGTTG 
TCGTCAGCTCGTGTC 
Lactococcus lactis subsp. lactis 100.0% 
>16_3063_P00_014F_14 sequence exported from 14.ab1 8-2M 
AAACAGATGCTAATACCGCATAGATCCAAGAACCGCATGGTTCTTGGCTGAAAGATGGCG 
TAAGCTATCGCTTTTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCA 
CCAAGGCGATGATACGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACAC 
GGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCTGAT 
GGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTGGAGAAG 
AATGGTCGGCAGAGTAACTGTTGTCGGCGTGACGGTATCCAACCAGAAAGCCACGGCTAA 
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCG 
TAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTACCGAGGAAG 
CGCATCGGAACTGGGAAACTTGAGTGCGAAGAGGACGTGGAACTCCTGTGTAGCGGTGAA 
TGCGTAGATTATGGAAGAACCCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTACTGACGCTGA 
GGCTCGAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGAT 
GAATGCTAGGTGTTGGAGGGTTCCGCCTTC 
Lactobacillus paracasei subsp. tolerans 99.71 % 
>16_3063_P00_015F_15 sequence exported from 15.ab1 8-4M 
CTAATACATGCAAGTCGAGCGAGCTGAATTCAAAGATTCCTTCGGGATGATTTGTTGGAC 
GCTAGCGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGCAATCTGCCCTAAAGACTGGGATACCACT 
TGGAAACAGGTGCTAATACCGGATAACAACATGAATCGCATGATTCAAGTTTGAAAGGCG 
GCGCAAGCTGTCACTTTAGGATGAGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGC 
CTACCAAGGCAATGATGCGTAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACATTGGGACTGAGA 
CACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCT 
GATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTGGTG 
AAGAAGGATAGAGGCAGTAACTGGTCTTTATTTGACGGTAATCAACCAGAAAGTCACGGC 
TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGG 
GCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGAATGATAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTG 
GAACTGCATCGGAAACTGTCATTCTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTA 
GCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCTGC 
AACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA 
TGCCGTAAACGATGAGCGCTAGGTGTTGGGGACTTTCCGGTCCTCAGTGCCGCAGCAAAC 
GCATTAAGCGCTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGG 
GGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA 
GGTCTTGACATCCTGTGCTACACCTAGAAGATAGGTGGTTCCCTTCGGGGACGC 
Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis 99.71 % 
>16_3063_P00_016F_16 sequence exported from 16.ab1 8-9M 
GGTGCTAATACCGCATAACAACTACTTTCTCATGATCGTAGCTTGAAAGATGGCTCTGCT 
ATCGCTTTTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATAGCTCACCAAGG 
CAATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA 
AACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGAAAGCCTGATGGAGCA 
ATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTGAAGAAGAACATG 
CGTGAGAGTAACTGTTCACGTACTGACGGTATTCAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGT 
GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGA 
GAATGTAGGCGGTTTATTAAGTTTGAAGTGAAAGCCCTCGGCTCAACCGAGGAAGTGCTT 
CGAAAACTGGTAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAA 
TGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGC 
TGAGATTCAAAGCATGGGTAGCAACAGGATTAGATACCTGGTAGTCATGCCGTAACGATA 
GTGCTAATGTTGGAGGGTTCCGCCCTTCGTGCTGCAGCTAACGCATTAGCACT 
Lactobacillus crustorum 100.0% 
>KY235374.1 Bifidobacterium crudilactis strain 71C 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 
ATCCATCAAGCTTGCTTGATGGTGAGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGCGTGACTAACCTGCCTCATACA 
CCGGAATAGCTCCTGGAAACGGGTGGTAATGCCGGATGCTCCAACATTTCACATGTTTTGTTGGGAAAGC 
GTTAGCGGTATGAGATGGGGTCGCGTCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCTTCGAC 
GGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA 
GCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGCGGGATGAAGGCCTTCG 
GGTTGTAAACCGCTTTTAATTGGGAGCAAGCGAGAGTGAGTGTACCTTTTGAATAAGCACCGGCTAACTA 
CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTA 
GGCGGTTTGTCACGCCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCTGCGCCGGGTACGGGCAGGCTA 
GAGTGCAGTAGGGGAGATTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAAT 
GGCGAAGGCAGATCTCTGGGCTGTTACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGAT 
ACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGGTGGATGCTGGATGTGGGACCCTTCCACGGGTTCCGTGTCGGAGC 
TAACGCGTTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGGCCC 
GCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTAGGCTTGACATGTTTC 

107 
GGACAGCCCCAGAGATGGGGTCTCCCTTCGGGGCCGATTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGT 
GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCTTGTGTTGCCAGCACGTTATGGTG 
GGAACTCACAAGGGACCGCCGGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAGATCATCATGCCCCTT 
ACGTCTAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAACGAGATGCGACATGGCGACATGAAGCGAATC 
TCTTAAAACCGGTCTCAGTTCGGATTGGAGCCTGCAACTCGGCTCCATGAAGGCGGAGTCGCTAGTAATC 
GCGAATCAGCAACGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTG 
GGTAGCACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCTTTTTGGAGGGA 
16S рРНК генінің толық реттілігі тура және жанама праймерлерден 
алынған 2 реттілік негізінде құрастырылған болатын. Бұл мақсатта BioEdit 
v7.2.5 
бағдарламасы 
қолданылды. 
(http: 
http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/page2.html сілтемесі бойынша қол жетімді). 
 
3.4.5 Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD) 
нәтижелері
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы кезінде 
штаммдар сондай-ақ олардың іздерінің бейіндеріне сәйкес бағаланды. рРНК 16s 
фрагменттерінің ПТР-амплификациясы үшін қолданылған геномдық ДНҚ 
Mayer және тағы басқа ғалымдар сипаттаған ПТР кезеңінің бағдарламасын 
қолдану арқылы кездейсоқ амплифицирленген полиморфты ДНҚ (RAPD) 
талдауы үшін де қолданылды.
Бұл зерттеу жұмысы морфологиялық пішіні бойынша, фруктоза-6 фосфат 
кетолазды талдау әдісі бойынша бифидобактериялар тобына жататындығы 
расталған 4 штаммды молекулярлық әдіспен идентификациялау мақсатында 
жүргізілді. Себебі 7-1С, 7-2С, 7-5С және 7-6С өсінділері 16s РНК тізбекті 
талдау, тікелей белокты кескіндеудің экспресс-әдісі Maldi-TOF әдісімен 
идентификациялау кезінде нақты нәтиже көрсетпеді. Бұл нәтиже аталған 
өсінділердің базаға енгізілмеген бифидобактериялардың жаңа түрі болуы 
мүмкін деген болжам жасауымызға бірден-бір түрткі болды.
Sakata және басқа да ғалымдармен 2002 жылы сипатталған кездейсоқ 
амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD) нәтижесінде 
зерттелген штаммдарды типтік штаммдармен салыстырмалы түрде зерттеу 
үшін қолданылды. S13, S17 штаммдары Benesova және басқа да ғалымдармен 
2014 жылы қой ірімшігінен бөлініп алынған болатын.
 
Кездейсоқ 
амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы үшін қолданылған штаммдар 
туралы толық мәліметтер төмендегі кестеде көрсетілген.
Кесте 18 - Зерттелген бифидобактерия штаммдарының шығу-тегі 
Сынамалар 
Идентификация нәтижесі 
Шығу тегі 
S13 
B. crudilactis
Қой ірімшігі
Словакия мемлекеті 
S17 
B. crudilactis
BCRU 
B. crudilactis
Шикі 
сүт
LMG 23609
T
7-1C 
B. crudilactis
Түйе сүті
Қазақстан 
7-2C 
B. crudilactis
7-5C 
B. crudilactis
7-6C 
B. crudilactis
LMG — Микробиология зертханасы, Гент Университеті, Бельгия 

108 
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдау (RAPD)
жұмыстары үшін GTG 5, 103R, 173, OPL13, OPa13, C2A23 праймерлері 
қолданылды. Праймерлердің әрбір түрі үшін 7 штаммның (RAPD) ПТР
қоспасын дайындау үшін сәйкесінше 1 штамм үшін 12,5 µl ПТР мастер-микс, 
10,5 µl су және 1 µl кері праймер қолданылды.
Төменде көрсетілген реттілік бойынша қолданылған әрбір 6 праймер үшін 
эппендорф пробиркаларына 24 µl қоспа енгізіліп, амплификаторда 
амплификация жұмысы жүргізілді.
Кесте 19 – Жүргізілген амплификациялаудың реті 
1 
GTG 5 
24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
2 
103R 
24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
3 
173 
24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
4 
OPL 13 24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
5 
OPA13 24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
6 
C2A23 
24 µl + 
7-1C 
24 µl + 
7-2C 
24 µl + 7-
5C 
24 µl + 
7-6C 
24 µl + 
S13 
24 µl + 
S17 
24 µl + 
BCRU 
Сурет 10 - Электрофорез көрінісі 
Eztaxon құралын пайдалана отырып, 16s РНК генінің салыстырмалы 
талдауының негізінде типтік 
B. crudilactis
LGM 23609 (16s РНК генінің тізбегі 
AY952449 тіркеу нөмірімен GenBank қол жетімді) штаммына ұқсас бірізділікке 

109 
ие болып, зерттелген 4 штаммның барлығы да 
B.crudilactis
ретінде жіктелді. 
Осылайша зерттелген штаммдар 
B. сrudilactis
таксонымен сипатталатындығы 
айқындалды. Жасалынған зерттеу жұмыстары нәтижесінде 7-1С штаммы 
KY235374 сәйкестендіру нөмірімен GenBank енгізілді. Ол туралы нақты 
деректер 
осы 
сілтеме 
арқылы 
қол 
жетімді: 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY235374 
GenBank-ДНҚ және РНҚ барлық аннотацияланған тізбектерінен, сондай-
ақ оларда кодталған ақуыздардың тізбектерінен тұратын ашық қолжетімдіктегі 
деректер базасы. GenBank АҚШ-тағы ұлттық денсаулық институттарының 
құрамына кіретін АҚШ-тың Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығынан 
(NCBI) қолдау алады және бүкіл әлемнің зерттеушілеріне тегін негізде қол 
жетімді. GenBank 100 000 астам түрлі организмдер үшін әртүрлі зертханаларда 
алынған деректерді алып зерттеушілер үшін біріктіреді. 
Сурет 11 – RAPD-PCR негізделген зерттелген
Bifidobacterium 
штаммдарының 
дендрограмы. 
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD) 
нәтижесі ең алғаш рет
 
Bifidobacterium 
штаммының түйе сүтінде кездесетіндігін 
растайды. Сонымен қатар, зерттеу жұмысы 
B. crudilactis 
штаммының ғылымда 
ең алғаш рет еліміздің түйе сүтінен бөлініп алынғанымен және Германдық 
деректер базасына енгізілгендігімен сипатталады (Қосымша Б) [108]. 

жүктеу/скачать 8,57 Mb.

Достарыңызбен бөлісу: