1864 жылы Шоқан генерал Черняевтың Оңтүстік Қазақстанға жасаған әскери экспедициясына қатысады. Бірақ әскери қызметі ұзаққа созылмады, генералдың жергілікті халыққа шектен тыс қатыгездік жасауы салдарынан әскер қатарынан өз еркімен кетті.
4. Шоқан Уәлихановтың Қазақстан тарихындағы алатын орны. Оның ғұмырының соңғы жылы Тезек сұлтанның ауылында өтті. Ол мұнда да Ұлы жүз қазақтарының өмірінен тарихи-этнографиялық материалдар жинаумен шұғылданды. Аса көрнекті қазақ ғалымы әрі ағартушысы Шоқан Уәлиханов 1865 жылы ұзаққа созылған аурудан қайтыс болды. Оның қабірінің басына ескерткіш пен құлпытас орнатылды. Ескерткішті саяси жер аударылып келген поляк революционері Лепольд Ластповский жергілікті мәрмәр тастан қашап жасады. Шығыстанушы ғалым Н. И. Веселовский:«Шоқан Уәлиханов шығыстану ғылымында аққан жұлдыздай жарқ етті де жоқ болды», - деп жазды.
Шоқан Уәлиханов Қазақстан мен Орта Азия халықтарының тарихы мен мәдениетін зерттеуге орасан зор үлес қосты. Аса көрнекті қазақ ғалымы өте ауқымды ғылыми-шығармашылық мұра қалдырды. Оның «Абылай», «Қырғыздар туралы жазбалар», «Ыстықкөл күнделіктері», «Үлкен орда қырғыз-қайсақтары туралы» т.б. еңбектері өте құнды саналады. Шоқанның қазақтың, сондай-ақ Орта Азия халықтарының өмірінен салған суреттері сақталған. Ол қазақтың алғашқы кәсіби суретшілерінің бірі.
Ш. Уәлиханов өз ғұмырының ең соңғы күніне дейін өз Отанын жан-тәнімен сүйген нағыз патриот болды. Оның еңбектерін бүкіл дүние жүзі жоғары бағалады. Бүгінгі ұрпақтары оған деген зор құрметтің белгісі ретінде Қазақстан қалаларының бірнеше көшесін Шоқанның есімімен атады. Оған арнайы ескерткіштер орнатылған. Ондай ескерткіш Омбы қаласында да бар. Көкшетау мемлекеттік университетіне Шоқанның есімі берілген. Онда «Уәлиханов оқулары» деп аталатын халықаралық ғылыми конференциялар үнемі өткізіліп тұрады. Шоқан Уәлихановтың өмірі мен қызметі егемен еліміздің жастары үшін тамаша үлгі-өнеге.
