1940 жылы сәуір айында алдымен Данияға және соңынан Норвегияға шабулдаған неміс армиясы мамыр айында Бельгия мен Голландияны жаулап ала бастады. Енді соғыс Францияның шекараларына таяды. Франция қосындарын неміс шабулдарына қарсы Мажинода шоғырландырып қорғаныс шебін құрды. Осындай жағдайда Парижді тастап, Бордо қаласына кетуге дайындық жасаған достары бірге кетуге қайта ұсыныс жасаса да, Шоқай оған келіспеді. Өйткені ол қандайда бір қасіретке душар болатын болса да, Парижден кетпеуге бел байлаған еді. Неміс басқыншылығына қарсы қолданған дара сақтық шарасы – архиуі мен онша құны жоқ акцияларын бір банктің сейфіне сақтау болды. Бір күн күтілмеген бір шақыру алды. Бір неміс өкімет қызметкері кездесу үшін өзін Берлинге шақырып жатқан еді. Бұл шақырту Шоқайды қатты алаңдатты. Өйткені немістердің өзін Берлинге не үшін шақыртқандықтарын түсіне алмады. Немістер Польшаны басып алмас бұрын “Прометей Одағы” жұмыстары кезінде нацисттерге қарсы екенін айқын көрсететін мақалалар жазған еді. Сондықтан ол нацисттерге қарсы екендігімен танылған болатын. Сол себепті немістердің бұл кездесуде өзінен не сұрайтындықтарын немесе қандай салада пайдаланытдықтарын жорамалдап білгісі келген еді. Бірақ ешқандай бір қорытындығыға келе алмады. . Екінші жағынан шақыртуды қабылдамай кездесуге бармайтын болса, Францияны қол астында ұстап тұрған немістер керек болған жағдайда оны өз ықтиярынсыз-ақ Берлинге алғыза білетін еді. Сонымен Шоқай Берлинге келді. Берлинде өзін шақыртқан неміс өкіметтік қызметкерлері Шоқайға Кеңестердің әскери күші туралы мәлімет сұрауға шақырғандарын айтты. Бірақ Шоқай бұл туралы ешқандай мағлұматы жоқ екендігін, кеңестердің тек Түркістан аймағының ғана қызықтыратынын, кеңестер туралы одан артық ешнәрсе білмейтіндігін айтты. Шоқай Берлинде бір апта болғаннан кейін Парижге оралды. Енді көңілі орнына түскен еді. Өйткені немістердің өзімен ешқандай жұмысы қалмаған еді.[9] Бірақ бұл тыныштық ұзаққа созылмады. Осы кездесуден шамамен екі ай өткен соң, атап айтқанда 1941 жылы 22 маусым күні Германия Кеңестер Одағына қарсы соғыс ашты. Сөйтіп Шоқайдың өмірінің ең тыныш және жайбарат күндері аяқталды. Ол осы хабарды әрі тебіреніспен және әрі таңданыспен қарсы алды. Сонда алғаш ойына оралған неміс армиясында жас офицерлердің қарт офицерлерге басым түскені болды. Өйткені Шоқай Берлинде жүрген кезінде неміс армиясында Кеңестер Одағына қарсы соғыс ашып-ашпау туралы тартыс болып жатқандығын естіген болатын. Жас офицерлер ағылшындармен болған шайқастарда ұшыраған жеңілістердің орнын большеуиктерге қарсы соғыста жеңіске қол жеткізіп толтыруды жақтады. Ал қарт тәжірибелі офицерлер болса, күш-қуаты туралы жеткілікті мағлұматтары жоқ Кеңестер Одағымен соғыспау керектігін алға тартты. Шоқай үшін немістердің кеңестерге қарсы соғыс ашуы күтпеген уақиға еді. Дегенмен ол мұны Түркістанның Мәскеудің бұзауынан құтылуына оңды әсер етеді деген пікірде еді. Сондықтан қатты тебіреніп, толқыды. Жұбайымен Париж орталығына бара жатып жол бойы дамылсыз сөйледі. Аракідік қолдарын аспанға көтеріп жазу жазған секілді ым-белгілер жасады. Зайыбының айтуынша Шоқай маңызды шешім қабылдар алдында кезінде үнемі осылай ететін еді. Шоқай бұл жағдайды пайдаланып қалу керектігін және бұл үшін жиналып мәселені талқылау керектігін айтып жатты. Осындай ойларға шомылған Шоқай мен жұбайы қала орталығына жасаған серуендерінен үйлеріне қайтты. Үйлеріне кіргеннен сәл ғана уақыт өткен соң үш неміс әскері келіп Шоқайды тұтқынға алды. Сол күні Парижде тұтқындалған жалғыз ол емес еді. Парижде тұрып жатқан кеңестерге қарсы орыс босқындарының алда келген өкілдері де тұтқындалды. Олардың барлығы Компиен лагеріне қамалды. Негізінде бұл лагерьді абақтыдан гөрі немістердің үкіметтік қызметкерлерінің білімін арттыру лагері деуге болады. Лагердегі жұмыстар Ресейлік босқындардың кеңестер туралы мәліметтерінен пайдалануға бағытталды Немістер осы мақсатта босқындар арасында Кеңестер Одағы туралы конфренциялар мен талқылаулар ұйымдастырды. Шоқай да лагерьде Түркістан туралы бір баяндама жасады. Шоқайдың Түркістан туралы баяндамасы тыңдаушыларға өте ұнап, осы тақырыпта тағы бір баяндама жасауы сұралды. Шоқай мұны шын ықыласпен қабыл алды. Бірақ лагерьде екінші баяндаманы жасайтындай ұзақ уақыт қала алмады. Өйткені Шоқайдың баяндамасын жалғыз тұтқындар ғана емес, лагерьдің неміс басшылары да ұнатқан еді. Олар кеңестерге қарсы мұндай бір баяндаманы радио арқылы түркістандықтарға қарата жасауын сұрады. Жалпы алғанда Шоқай бұл ұсынысқа оң қарағанмен радиодан сөз сөйлеуге бірден келісе қоймады. Өйткені оның ойынша, Түркістанның жергілікті халықына арнап сөз сөйлеу мен Түркістаннан тыс жерде шетелдіктерге баяндама жасау арасында үлкен айырмашылық бар еді. Түркістандықтарға өз отаны туралы баяндама жасайтын кезінде бар нәрсеге өте мұқият болып, әсіресе өлкенің саяси шындықтары туралы қателіктерге бой ұрмауы керек еді. Олай болмаған жағдайда баяндаманың пайда орнына зиян келтіруі мүмкін еді. Сол себепті немістерге тұтқынға түскен түркістандық әскерлермен кездесіп олардың ұлттық мәселелердегі ойпікірлерін біліп алу қажет еді. Содан кейін ғана түркістандықтарға арнап бір баяндама жасауға болар еді. Шоқай Берлинге қарай аттанбас бұрын екі күнге үйіне соқты. Берлин сапары үшін керекті дайындықтарын жасады. Түні бойы жазу машинкасымен жазу жазды. Ол таңертең ертемен Парижге кетті. Келгеннен кейін тағы да жазды. Ол шілде айының орталарында Парижден Берлинге қарай әскери көлікпен жолға шықты. Шоқай Берлинге бара жатқанында кеңес дәуірінде өскен түркістандық жастармен алғаш рет кездестіндіктен өте толқып тұрған еді. Бұл кездесулер, әсіресе 1922 жылдан бері шетелде Түркістан туралы жазған мақалаларындағы тұжырымдарының дұрыс бұрысын анықтауға мүмкіндік беретін еді. Сол мақалаларында Түркістаннан шалғай жерде, Еуропаның кіндігінде тек кеңес баспасөзінде орын алған мәліметтерге сүйене отырып, қорытындылар мен тұжырымдар жасаған еді.