Такая структура просуществовала до 1942 г., тогда железнодорожные войска были выведены из состава службы ВОСО.
В трудный период гражданской войны и в первые годы восстановления народного хозяйства начальником ЦУП ВОСО был М. М. Аржанов, энергичный военный инженер, имеющий большой опыт работы на транспорте, одним из первых начальников военных сообщений фронта был опытный железнодорожник В. А. Жигмунд.
Подготовке командного состава органов ВОСО уделялось большое внимание и в годы гражданской войны, и в последующие годы. Были созданы специальные школы для подготовки младшего и среднего командного состава службы ВОСО, инструкторские курсы по подготовке командиров ВОСО и железнодорожных войск в г. Торжок (1918), которые в 1920 году были реорганизованы в школу. В 1922 г. ее перевели в Петроград, а в 1937 г. школа была переименована в училище ВОСО.
Подготовка старшего звена командного состава проводилась с 1925 г. на военном отделении института инженеров путей сообщения, а с 1932 г. Военно-Транспортной академии.
В годы мирного строительства служба ВОСО получила дальнейшее развитие. В августе 1921 г. было издано Положение, по которому в ЦУП ВОСО штаба РККА сосредотачивались вопросы подготовки путей сообщения, военных дорог и организации воинских перевозок, а 1925 г. было издано первое «Положение о перевозке войск РККА».
Со второй половины 1940 г. и до начала Великой Отечественной войны был проведен ряд мероприятий по подготовке путей сообщений, частей и органов ВОСО к работе в военное время. Однако многие из намеченных работ к июню 1941 г. не были завершены.
С началом Великой Отечественной войны резко возрос объем воинских перевозок и значительно усложнились условия работы транспорта. Проведение всех крупных операций было неразрывно связано с широким использованием железнодорожного и других видов транспорта.
Сложные условия войны потребовали внесения определенных корректив в ранее разработанные принципы организации военных сообщений. Была изменена структура и уточнены задачи полевых и линейных органов. Специальным постановлением Государственного Комитета Обороны (ГКО) были расширены их права и обязанности. Благодаря принятым организационным и техническим мерам успешно решалась проблема скрытого сосредоточения и маневра войск, перевозок огромного количества материальных средств.
В сложных условиях работали фронтовые органы ВОСО, но не менее сложными были условия работы линейных органов ВОСО на железных дорогах тыла страны. Затруднения были с подвижным составом, недоставало топлива, на восстановленных после разрушения объектах возникали постоянные осложнения при выполнении массовых воинских перевозок, и лишь самоотверженный труд личного состава линейных органов ВОСО и железнодорожного транспорта помогал выходить из очень сложных ситуаций.
Офицеры ВОСО зачастую являлись не только организаторами перевозок, но и непосредственными их исполнителями в сложных условиях. В подтверждение этого можно привести некоторые примеры. 23 июня 1941 г. военный комендант ж. д. участка и станции Лиепая и военный комендант-инженер 3-го ранга И. Т. Рожнов получил информацию, что в пригородном поезде в сторону Лиепая скрытно следует вражеский штурмовой отряд. Рожков организовал оборону станции, а сам занял место в кабине стоящего под парами паровоза и направил его навстречу немецкому эшелону на таран. Замысел немецкого командования, именовавшийся «Троянский конь» рухнул. Сам Рожнов погиб во время отхода войск из Прибалтики.
В 1941 г. на ряде ж/д станций военный комендант 3-го ранга Ванцов Н. В. и в 1943 г. помощник военного коменданта капитан Лысанов при нападении на станцию авиации противника руководили рассредоточением подвижного состава и лично расцепляли горящие вагоны. Оба погибли на боевом посту, до конца выполнив свой долг перед Родиной.
