Қазақстан республикасы ауыл
жүктеу/скачать 5,46 Mb. Pdf көрінісі
|
СЧ 2023 том 1 часть 2
- Бұл бет үшін навигация:
- Зерттеу материалдары мен әдістері.
| Жұмыстың мақсаты
– жұмыстың мақсаты ПТР және секвенирлеу арқылы трихинеллалардың әртүрлі түрлерін анықтау үшін әмбебап праймерлердің дизайнын биоинформатикалық талдау. Зерттеу материалдары мен әдістері. Трихинеллалар түрлерді анықтау үшін GenBank дерекқорын қолдана отырып, арнайы праймерлер таңдалды. SLS Sequence Viewer 8.0 бағдарламалық жасақтамасының көмегімен трихинеллалардың 5 түрінің нуклеотид- тер тізбегін туралауды және праймер дизайны үшін аймақты таңдауды жүзеге асырды. Праймерлерде шпилька, димерлер пайда болу мүмкіншілігін анықтау үшін genscript.com, internationalneb.com, thermofisher.vom, bioinformatics.nl және bio.bsu.by онлайн желілері қолданылды. Нәтижелер. Секвенирлеуді жүргізу үшін негізгі гендер ретінде цитохром Б (cob) генінің тізбегі және суббірліктің цитохром оксидазасы III (cox3), рибосомалық РНҚ-ның кіші суббірлігі, тРНК-Ser гендері, тРНК-Val және рибосомалық РНҚ-ның үлкен суббірлігі, 6-шы суббірліктің АТФ синтаза гені (atp6) қолданылады. Әмбебап праймерлерді жобалау үшін келесі түрлердің нуклеотидтер тізбегі қолданылды: Trichinella spiralis (GU339130.1) [2], Trichinella spiralis (GU339129.1), Trichinella britovi (DQ159092.1), Trichinella native (DQ159093.1), Trichinella sp. (JQ430664.1), Trichinella nelson (EF517127.1), Trichinella murrelli (EF517125.1), Trichinella papuae (EF517130.1), Trichinella pseudospiralis (EF517124.1), Trichinella pseudospiralis (DQ159091.1), Trichinella zimbabwensis (EF517131.1). Трихинеллалардың аталған түрлерінің нуклеотидтер тізбегін теңестіргеннен кейін рибосомалық РНҚ-ның кіші және үлкен суббірліктерінің тізбегіне праймер дизайны жа- салды. 1а-суретте түзу-праймер аймағы, 1б-суретте кері-праймер көрсетілген. 1 - сурет – Трихинеллалардың әртүрлі түрлеріне арналған олигонуклеотидтердің дизайны: а-түзу праймер, б – кері праймер. 212 1-ші суретте көрсетілгендей, қызылмен белгіленген аймақ тура-праймердің кіші суббірлікте 1010-1033 жұп нуклеотидтер, рибосомалық РНҚ-ның үлкен суббірлігінде 1655-1678 жұп нуклеотидтер аралығын қамтиды. Таңдалған аймақ праймерлерді қоспағанда трихинеллалардың әр түрі үшін айтарлықтай ерекшеленеді, сол арқылы праймерлерді әмбебап қолдануға мүмкіндік береді. Әртүрлі онлайн-бағдарламалардың көмегімен праймерлер шпилькалар мен димерлердің пайда болмауына тексерілді. Екі праймердің балқу температурасы, G/C және A/T азотты негіздерінің % - ы анықталды. 2 - сурет – Праймерлердің генотипке сәйкестігін тексеру: а-тікелей праймер; б-кері праймер 1 - кесте. Жасалған праймерлердің сипаттамасы № Праймер атауы Нуклеотидтік тізбек 3'→5' Ген атауы Балқу темпера- турасы, ºС Азотты негіздердің % көрсеткіші 1 Trich_Seq_F ATGGTTAGGTGAGATATTGCCTG ssrRNA 52 43 2 Trich_Seq_R TTACAATGTTTTTATTAAACAGTA lsrRNA 53 17 Екі праймер үшін де оңтайлы балқу температурасы анықталды-53℃. Тура-праймердегі G/C негіздерінің мазмұны – 17%, кері-праймерде – 43% құрайды. Алынатын ПТР өнімнің мөлшері 669 ж.н. Осылайша, биоинформатикалық әдістерді қолдана отырып, Trichinella spp. секве- нирлеу және одан әрі түрлерді анықтау үшін әмбебап праймерлердің дизайны жасалды. Праймерлер рибосомалық РНҚ-ның кіші және үлкен суббірліктерінің аймағын қамтиды. Зерттеу жұмыстары Қазақстан Республикасының Ғылым және Жоғары білім министрілігі қаржыландыратын № AP14870972 « Trichinella spp . рекомбинант- ты антигеніне негізделген иммуноферментті тест жүйесін әзірлеу» ғылыми жоба тақырыбы аясында С.Сейфуллин атындағы Қазақ агротехникалық университетінің Ауылшаруашылық биотехнологиясының ғылыми-зерттеу платформасында жүргізілді. жүктеу/скачать 5,46 Mb. Достарыңызбен бөлісу:
|