Реализация профильного обучения в рамках ГОСО-2002 свидетельствует о накоплении позитивного опыта по организации профильного обучения в старших классах. Вместе с тем, соотнося содержание ГОСО РК 2.003-2002 с Законом Республики Казахстан «Об образовании», учитывая развитие социальной практики, утверждение новых ценностей в обществе, важно указать на ряд проблем, негативные последствия которых необходимо учесть при конструировании модели профильного обучения в условиях 12-летнего образования: слабая система предпрофильной подготовки учеников на уровне основного среднего образования; несоответствие материально-технической базы школ ведению полноценного профильного обучения; трудности организации профильного обучения в условиях малокомплектных школах; ограниченность профильного обучения двумя (общественно-гуманитарным и естественно-математическим) направлениями; недостаточное кадровое обеспечение; отсутствие адекватной системы оценивания результатов профильного обучения; несоответствие содержания тестовых задании ЕНТ особенностям содержания профильного обучения; слабая преемственность содержания профильного обучения с содержанием обучения на других уровнях образования; низкая мотивация у выпускников основной школы к продолжению обучения в профильной школе.
