Цитофотометриялық әдіс ұлпалар мен жасушалардың құрылымдарына зерттелетін химиялық заттың мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді. Микроскоп және спекрфотометрден тұратын арнайы өлшеу аспабы – цитофотометрмен алдын-ала гистохимиялық реакция арқылы боялып анықталған өнімнің (зерттелетін заттың) оптикалық тығыздығы өлшенеді. Соңғы көрсеткіш, өз кезеңінде, зерттелетін заттық микроқұрылымдағы концентрациясын көрсетеді.
Ағынды цитометрия немесе флоу – цитометрия (ағылш. Flow - ағын) суспензия құрамындағы жасушалардағы заттардың мөлшерін анықтайтын әдіс. Талдау алдында өткізілген цитохимиялық және гистохимиялық реакциялардан кейін зерттелетін затты анықтау үшін, оны флоуресценциялық бояулармен бояйды. Ағынды цитофотометрде жасушалар суспензиясы лазер сәулесі түскен капиллярлы (қылтамырлы) түтік арқылы үлкен жылдамдықпен өткізіледі. Әрбір жасушаның флоуресценциясының деңгейін (зерттелетін заттың мөлшеріне сәйкес болатын) арнайы детекторлар бір ізді түрде, минутына 10 мыңнан астам жасушалар жылдамдықпен, тіркеп отырады. Алынған мәліметтер бойынша цитофотометр заттар мөлшерінің гистограммасын (графигін) сызады.
