Первая самостоятельная кафедра патофизиологии в России была организована на медицинском факультете Императорского Московского университета. Она относилась к числу немногих кафедр, имевшихся в европейских университетах (где их обозначали еще и как кафедры общей патологии).
Предпосылки создания кафедры патофизиологии (общей патологии) впервые созрели во второй половине XVIII века. Становление кафедры патофизиологии медицинского факультета Московского университета, в свою очередь, создало основу для формирования подобных кафедр в других медицинских вузах России и Европы.
Этапом зарождения патофизиологии в России можно считать преподавание её элементов на медицинском факультете Императорского Московского университета. Так, проф. С.Г. Зыбелин уже с 1765 г. читает курс теоретической медицины, последовательно включающий физиологию, патологию, диететику и терапию.
В 1804 г., в соответствии с уставом Московского университета, на его медицинском факультете было создано шесть самостоятельных кафедр. В их числе - кафедра патологии, терапии и клиники, которой в разные годы руководили профессора Ф.Г. Политковский, Ф.И. Барсук‑Моисеев, М.Я. Мудров и др. Таким образом, элементы знаний патологии, хотя и носившие по большей части умозрительный характер, студенты медицинского факультета осваивали в курсе теоретической медицины.
Вместе с тем, преподаватели медицинского факультета Императорского Московского университета осознавали необходимость специального исследования процессов, лежащих в основе возникновения и развития болезней. На эту необходимость указывал проф. М.Я. Мудров в 1825 г. в своих предложениях по новому Уставу Императорского Московского университета, направленных министру народного просвещения России и обозначенных им как мнение «Об учреждении новой кафедры для анатомии патологической и для физиологии сравнительной». Некоторое время спустя питомец Московского университета К.В. Лебедев издаёт первое руководство по клинической патологии «Общая антропопатология» (1832 г.).
Мнение проф. М.Я. Мудрова было учтено в новом Уставе Московского университета 1835 г.: им учреждалась кафедра физиологии и общей патологии. Кафедру возглавил проф. А.М. Филомафитский, который использовал сведения из экспериментальной физиологии для объяснения возможных причин возникновения, механизмов развития и сущности ряда болезней человека. В 40‑е годы XIX века в России началась подготовка к очередной масштабной реформе системы медицинского образования. В 1845году правительство России приняло «Дополнительное постановление о медицинском факультете Императорского Московского университета». В нем предусматривалось создание единой кафедры патологической анатомии и патологической физиологии в Императорском Московском университете.
Важно заметить, что потребность в наличии кафедры патологической физиологии на медицинских факультетах университетов в наибольшей мере осознавали врачи. Такая кафедра нужна была им для естественнонаучного объяснения причин возникновения болезней и особенно механизмов их развития. Нужна для того, чтобы, как считал М.Я. Мудров, медицина постепенно выходила из «гадательных наук» и становилась «ближе к наукам верным». Именно врачам нужно было знать, какая причина вызывает болезнь, по каким законам она развивается, как организм борется с возникшими в нём нарушениями. Располагая такими данными, врач может аргументированно строить схему диагностического поиска, разрабатывать методы лечения и предупреждения болезней. Именно с учётом большой клинической востребованности сведений по патологии, тесной естественной связи патологической анатомии и патологической физиологии с клиникой в 1846 г. её заведующим был назначен врач‑адъюнкт терапевтической клиники Ю. Дитрих. Однако, находясь в заграничной командировке, он не мог реально руководить кафедрой, а в 1847 г. он скоропостижно умер. В следующем году на заведование кафедрой патологической анатомии и патологической физиологии претендовали четыре врача. Все они были сотрудниками клинических (терапевтических) кафедр медицинского факультета Московского университета. Заведующим кафедрой был избран двадцатидевятилетний адъюнкт госпитальной терапевтической клиники А.И. Полунин.
В течение нескольких лет до этого А.И. Полунин изучал в различных университетах Европы сравнительную физиологию и патологическую анатомию, микроскопическую анатомию, органическую и патологическую химию. После защиты докторской диссертации Совет медицинского факультета поручил А.И. Полунину начать чтение курсов патологической анатомии и патологической физиологии в весеннем семестре 1848/49 учебного года, а в мае 1849 г. он был назначен профессором кафедры. С этого момента в Московском университете начала функционировать самостоятельная кафедра патологической анатомии и патологической физиологии.
Проф. А.И. Полунин читал курс лекций, состоящий из четырёх разделов: общего учения о болезни; учения о путях её распространения; учения об общих механизмах развития болезней; учения об отдельных болезненных процессах. Он перевёл на русский язык книгу фон Вирхова «Клеточная патология», издал ряд своих трудов, среди них «Введение в патологию», «О человеке и его отношениях к природе», «Рассуждение о холере». Таким образом, проф. А.И. Полунин – один из основоположников педагогической школы патофизиологов.
Алексей Иванович много сделал для развития медицинского факультета Московского университета и медицинского образования в России. С 1863 г. по 1878 г. он был деканом медицинского факультета, много лет издавал и редактировал «Московский врачебный журнал», был секретарём Московского физико‑медицинского общества. В разные годы учениками А.И. Полунина были А.С. Шкляревский, Г.А. Захарьин, С.П. Боткин, В.Ф. Снегирёв, И.М. Сеченов, И.Ф. Клейн, А.Б. Фохт и другие впоследствии известные врачи, учёные и педагоги.
Проф. А.И. Полунин руководил кафедрой патологической анатомии и патологической физиологии в течение 20 лет. За это время завершилось становление патологической анатомии как самостоятельного учебного предмета в системе подготовки врачей. Стали ясны её специфические цели, предмет и методы. В связи с этим в 1869 г. была организована отдельная кафедра патологической анатомии, которой руководил один из учеников проф. А.И. Полунина – И.Ф. Клейн. Сам А.И. Полунин возглавил кафедру патологической физиологии (переименованную в то время в кафедру общей патологии). Задачами этой кафедры являлись изучение общих закономерностей и конкретных механизмов изменений в организме больного человека, а также разработка методов лечения и профилактики болезней. К этому времени сложилась структура предмета патофизиологии (общей патологии): общее учение о болезни (общая нозология); учение об общих, типовых патологических процессах; учение о типовых формах патологии отдельных органов и их физиологических систем. Впоследующем подобные кафедры были открыты и в других университетах России: в 1874г. кафедра общей и экспериментальной патологии в Казанском университете (зав.– проф. В.В Пашутин); в 1879 г. кафедра общей и экспериментальной патологии в Военно‑медицинской академии в Петербурге (зав.– проф. В.В. Пашутин); в 1891 г. кафедра общей патологии в Томском университете (зав.–проф. П.М. Альбицкий).
После смерти проф. А.И. Полунина в течение более 30 лет (с 1880 г. по 1911 г.) кафедрой руководил его ученик, крупный патолог, известный московский врач‑терапевт, заслуженный деятель науки, проф. А.Б. Фохт. Александр Богданович организовал при кафедре и руководил первыми в России вначале лабораторией, а затем (с 1890 г.) Институтом общей и экспериментальной патологии. Он широко пропагандировал и внедрял в руководимом им институте, а также в преподавании патофизиологии клинико‑экспериментальный подход. Профессор А.Б. Фохт являлся создателем и признанным лидером московской научной школы патофизиологов (патологов).
С 1927 г. на кафедре наряду с лекционным курсом начали проводится и семинарские занятия, а с целью развития научных исследований была открыта аспирантура по патофизиологии. Проф. С.С. Халатов для аспирантов‑патофизиологов организовал обязательный курс клинической практики и с этой целью – клинический стационар на базе кафедры факультетской терапии. Тем самым подтверждался тезис: «Патофизиология как фундаментальная специальность порождена и востребуется клиникой».
Проф. Г.П. Сахаров и сотрудники руководимого им коллектива разрабатывали проблемы иммунологии (проф. Г.П. Сахаров описал феномен сывороточной анафилактической реакции, развивающейся в ответ на воздействие чужеродного белка: феномен Артюса – Сахарова), эндокринологии, онкологии, методологические аспекты патологии и истории медицины.
В 1933–1945 гг. проф. С.С. Халатов и его коллеги по кафедре опубликовали три издания учебника по патофизиологии для медицинских вузов.
В 1933 г. в I Московском медицинском институте (I ММИ) им. И.М. Сеченова (организованном в 1930 г. на базе медицинского факультета Московского университета и отделившемся от него в самостоятельное учебное заведение) по инициативе проф. С.С. Халатова и его ученика С.И. Чечулина при кафедре патофизиологии была организована первая в России Центральная научно‑исследовательская лаборатория (ЦНИЛ).
Проф. С.С. Халатов рассматривал патофизиологию как основную теоретическую дисциплину, формирующую естественнонаучную базу для понимания клинической патологии и ведения практической деятельности врача.
Проф. С.С. Халатов был руководителем и автором оригинальных исследований роли холестерина в развитии атеросклероза. Результаты их учитываются и в современных концепциях патогенеза атеросклероза. Свою точку зрения по этой проблеме проф. С.С. Халатов изложил в монографии «Холестериновая болезнь в её патофизиологическом и клиническом значении» (1946).
С 1943 г. ассистент В.А. Неговский проводил на кафедре разработку методов оживления организма. По материалам исследований В.А. Неговский опубликовал книгу «Опыт терапии состояния агонии и клинической смерти в войсковом районе» (1945). За эту работу был награжден орденом Красной Звезды. Позднее проф. В.А. Неговский организовал первый в стране Институт реаниматологии, ставший главным в разработке методов восстановления жизнедеятельности организма.
В годы заведования кафедрой проф. С.М. Павленко (1947–1976) и проф. Н.И. Лосевым (1976–1990), проводилась методическая и организационная работа по дальнейшему развитию клинико‑экспериментального направления в медицинских научных исследованиях, а также в преподавании патофизиологии. В эти годы были опубликованы методические указания (руководства) к практическим занятиям по патофизиологии, созданы современные учебные программы по патофизиологии, общей патологии и патологии для медицинских и фармацевтических вузов страны (1984, 1987, 1990).
Проф. С.М. Павленко совместно с руководимым им коллективом кафедры разрабатывал научные проблемы роли реактивности и сенсибилизации в развитии патологии, учения о саногенезе и предболезней. Он был инициатором создания и первым руководителем Всесоюзного (сейчас Российского) научного общества патофизиологии.
В последние годы сотрудниками кафедры патофизиологии Первого МГМУ им. И.М. Сеченова разработана и реализуется концепция многоуровневого преподавания патофизиологии в медицинских вузах: 1) базисного: на II - III курсах обучения; 2) цикла «Клиническая патофизиология» (посвящённого изучению наиболее распространённых у человека патологических синдромов) на старших курсах; 3) цикла «Клиническая патофизиология» в системах специализации врачей (ординаторов, аспирантов, докторантов), целью которого является изучение патофизиологии наиболее распространённых у человека болезней. Эта концепция получила поддержку Международного общества по патофизиологии и внедрена в большинстве стран.
В 2007 году в сотрудниками кафедры разработана, апробирована и реализуется уникальная система преемственного преподавания патофизиологии (патологии человека) на всех этапах процесса непрерывного профессионального образования специалистов. С этой целью была создана кафедра патофизиологии (с 2010 г. «Патологии человека») на факультете послевузовского профессионального образования врачей (организатор и первый заведующий – член-корр. РАН, проф. П.Ф. Литвицкий). На кафедре преподается учебная дисциплина «Патология», включающая компоненты патофизиологии, патоморфологии и патобиохимии. Цель этой дисциплины – обучить врачей владению методикой и методологией эффективного решения профессиональных – врачебных задач, а также – умению проводить научно обоснованный диагностический поиск, формулировать принципы, методы и алгоритмы лечения и профилактики различных форм патологии человека.