Бояғыштар. Жағындыны бояу кезінде бояулар микроб клеткасына енетіндіктен, тек сыртқы белгілерін ғана емес, сонымен қатар ішкі құрылысының кейбір ерекшеліктерін (спорасын) де байқауға болады. Микробиология практикасында негізгі және қышқылды бояғыштар қолданылады. Микроб клеткаларының ядросы негізгі бояғыштармен де боялады. (кейде нейтарльды бояғыштармен де боялады). Қышқылды бояғыштар препараттың аясын құрып, боялмаған формалардың айырмашылығын айқындата түседі.
Негізгі (ядролық) бояғыштар ретінде Циль фуксині, сафранин, нейтральды қызыл (қызыл бояғыштар); метилді күлгін, генцианвиолет, кристалды күлгін (күлгін бояғыштар); метилен көгі, азур ІІ (көк бояғыштар): малахитті жасыл (жасыл бояғыш); везувин, хризоидин (сары-қоңыр бояғыштар), ал қышқыл бояғыштардың ішінен қышқыл фуксин, эозин, эритрозин, қызыл конго (қызыл бояғыштар), пикрин қышқылы (сары бояғыш), нитрозин (қара бояғыш) және т.б. қолданылады.
Бояғыштардың ерітінділері спиртте немесе суда дайындалады. Бояғыштардың спирттегі ерітінділері тұрақты болып келетіндіктен, олар алдын ала дайындалады. Бұл үшін бояу ұнтағына 96%-дық этил спиртін 1:10 ара қатынасында құяды. Қаныққан бояу ерітінділерді тығыз тығыны бар ыдыстарда сақтайды. Бояғыштардың судағы ерітінділері тұрақсыз және препаратты баяу бояйды. Бояғыштардың әрекетін күшейту үшін оларға ерітінділердің тұрақтылығын ұзартатын, клетка қабығын жұмсартып, микробтардың жақсы бояуларына себебін тигізетін улағыш заттарды қосады. Үлағыш заттар ретінде спирт, формалин, фенол, сілтілерді пайдаланады.
Тәжірибеде көбінесе келесі бояғыштар мен ерітінділер жиі қолданылады.
Циль фуксині 10 мл негізгі фуксиннің қаныққан спиртті ерітіндісі мен 100 мл 5%-дық фенол ерітіндісін араластыру арқылы дайындалады. Негізгі фуксиннің қаныққан ерітіндісін дайындау үшін 10 г негізгі фуксин ұнтағын 100 мл 96%-дық этил спиртін қосып араластырады.
Пфейффер фуксинін дайындау үшін 1 мл Циль фуксиніне 9 мл дистилденген су қосады. Бұл бояғыш тек қолданар алдында ғана дайындалады, өйткені ол тұрақсыз (тез өзгеріп немесе бұзылып кетеді).
Метилен көгі (Леффлер бойынша). 30 мл метилен көгінің 10%-дық қаныққан ерітіндісіне 1 мл 1%-ды калий гидрототяғы мен 100 мл дистилденген су қосу арқылы дайындайды. Бұл қоспаны тәулік бойы ұстағаннан кейін сүзгіден өткізеді. Бояғыш тұрақты және микробтарды жақсы бояйды.
Фенолды генцианвиолет. 1 г кристалды генцианвиолетті 10 мл 96%-дық этил спиртінде ерітіп, оған 100 мл 2%-ды фенолдың судағы ерітіндісін қосады.
Сафранин. 2 г бояу ұнтағын 96%-ды этил спирті мен дистилденген судың 1:1 ара қатынасында дайындалған қоспасында немесе қайнап жатқан судың 100 мл-інде ерітіліп, сүзіледі.
Малахитті жасыл. 1 г малахитті жасыл ұнтағын 100 мл дистилденген суда ерітіп, сүзеді.
Қызыл конго. 3г бояуға 100 мл дистилденген су қосу арқылы дайындайды. Бұл бояғыш препаратты негативті (теріс) тәсілмен бояу кезінде қолданылады.
Люголь ерітіндісі препараттарды Грам тәсілімен бояу үрдісінде қоданылады. 2 г калий йодидін 25 мл дистилденген суға ерітеді. Сонан соң ерітіндіге кристалды йодтың 1 г қосып, оның мөлшерін 300 мл-ге дейін дистилденген сумен жеткізіп, ерітіндіні сүзеді.