Цитологияда негізгі колданылатын əдістердің бірі - жарық микроскопы. Соңғы жылдары жасушаны зерттеуде жарық микроскоптарының бірнеше түрлері қолданылып жүр (люминесценттік, фазасы қарама-қарсы, электронды микроскоп). Жарық микроскоптарының көмегімен ұлпадан алынған жəне əр түрлі бояулармен боялған жұқа кесінділерді (препарат) зерттеуге болады. Ол үшін кесіндінің қалыңдығы 5— 7 микроннан (мк) аспау керек, сонда ғана жарық кесінділер арқылы өте алады. Жарық микроскоптары арқылы тексеретін ұлпалардан кесінділер дайындау (препарат) өте күрделі жұмыс. Цитологиялық препараттар жасау бірнеше кезеңдерге бөлінеді: материал алу жəне оны бекіту, ұлпаларды тығыздау, парафинге құю, кесінділер жасау, бояу, бальзамға бекіту.
Микроскоптың көру қабілеттілігі қолданылып отырған жарық ағымына байланысты жəне жарық ағынының 1/3 бөлігіне тең болады. Жарық толқынының ұзындығы неғұрлым қысқа болса, микроскоптың көру қабілеттілігі соғұрлым артады. Егер жарық толқынының ұзындығы 0,6 миллимикрон (ммк) болса, микроскоптың көру қабілеттілігі - 0,2 мкм.
Люминесцент микроскопы ультракүлгін жарық толқынымен жұмыс істейді, толқын ұзындығы— 0,27—0,4 мкм. Осындай толқын препаратқа түскенде ол сəулені сіңіре отырып, өзінен жарық шығарады, бұл құбылыс флюоресценция деп аталады. Шыққан жарық толқыны сіңген жарық толқынына қарағанда əрдайым ұзын болады. Кейбір заттар түскен жарық толқынының жартысын сіңіріп, өзімен жасыл, сары, қызыл спектрді шығарады. Флюоресценция деп заттарды ультракүлгін жарығымен шағылыстырғанда өзінен жарық бөлуін айтады. Оларға пигменттер, витаминдер, майлар жатады. Кейбір заттарды флюрохром бояуларымен бояу арқылы флюоресценцияны көруге болады. Мысалы, ДНК-ны акридин қызыл сары бояуымен боялғанда жасушадағы дизоксирибонуклеин қышқылы (ДНҚ) ашық жасыл сəуле береді, ал рибонуклеин қышқылы (РНҚ) ашық қызғылт сəуле береді.
Фазасы қарама-қарсы микроскоп. Бұл микроскоптың ерекшелігі тірі жасушаларды, боялмаған объектілерді зерттеуге мүмкіндік береді.
