Саузерн-блоттинг геномдағы гендердің көшірмелер санын анықтау үшін қолдануға болады. Үлгі рестриктазалармен бөлінбеген ДНҚ бір бөлігімен ғана гибридизацияланады, Саузерн-блота бір жолақты береді, бірнеше жолақтар бірдеі бірнеше бірдей реттілік гибридизациясын көрсетеді. Гибридизация жағдайларының өзгеруі (будандастыру жүргізілетін температураның жоғарылауы, тұз концентрациясының өзгеруі) арнайылылықтың жоғарылауына және гибридизацияның төмендеуіне әкеледі, бірақ ұқсас емес бөліктерінде.
Бұл әдіс жұқпалы ауруларды, тұқым қуалайтын ақауларды диагностикалау және белгілі бір гендердің экспрессиясын анықтау үшін қолданылады.