1943 жылы ежелгi дәуiрден сол кезге дейiнгi кезеңдi қамтитын тұңғыш «Қазақ КСР тарихы» Алматыда жарық көрдi. Кiтапты жазуда 1941 жылдың күзiнде Мәскеу түбiндегi қауiптi жағдаймен байланысты республикаға эвакуацияланған Ресейдiң iрi тарихшылары еңбек еттi. Сондай-ақ кейiнде «Қазақ КСР тарихының «жағымсыз он бетiнiң авторы» болып айдар тағылатын қайратты, талантты Е. Бекмаханов аталған еңбектiң жарық көруiне зор үлес қосты. 1943 жылы маусымның 28 жұлдызында Мәскеуде Е. Бекмаханов «Қазақтардың Кенесары Қасымұлы бастаған азаттық күресi» атты тақырыпта кандидаттық диссертациясын қорғады. Ал 1946 жылы Е. Бекмаханов докторлық диссертациясын қорғап, ол «Қазақстан ХIХ ғасырдың 20 - 40 жылдарында» деген атпен 1947 жылы жарық көрдi. Осыдан кейiн-ақ Кенесары көтерiлiсiн сынаушылар ашықтан - ашық Бекмахановқа қарсы тұрды. Егер бұрын сын пiкiр Қазақ КСР тарихына бағытталса, ендi Е. Бекмахановтың монографиясына ауысты. Е. Бекмахановтың айналасында талас - пiкiрдi өршiткен, оны буржуазияшыл - ұлтшыл, ал Кенесары қозғалысы реакцияшыл, феодалдық - монархиялық ұлтшылдық сипатта болған деп айыптау тiзгiнiн Айдарова, Т. Шойынбаев, М. Ақынжанов, Якуниндер ұстанды. Осыдан кейiн Мемлекеттiк Қауiпсiздiк Комитетi Е. Бекмахановқа «сенiмсiз адам» ретiнде көңiл аударып iс қозғады. Оған Кеңес өкiметiне қарсы пiкiрде болып, 1942-1951 жылдар аралығында ұлтшылдық идеяларды уағыздады және антисоветтiк үгiт жүргiздi деп айып тағылды. Қазақ КСР Жоғарғы Соты оны 1952 жылы 4 желтоқсанда 25 жылға соттап, ГУЛАГ- қа (Государственное управление лагерей) айдады.
