1953 жылы Сталиннiң қайтыс болуымен және елдегi демократияландырудың ұшқынымен байланысты Е. Бекмаханов 1953 жылы 16 қазанда ақталды. Ол 1954 жаңа оқу жылында ҚАЗМУ-дегi еңбек жолына қайта оралды. Күш - жiгерiн ғылыми iзденiстерге жұмылдырып, 1957 жылы Мәскеуде «Қазақстанның Ресейге қосылуы» монографиясын жарыққа шығарды. Осыған орай Е.Бекмахановтың докторлық дәрежесi мен профессорлық атағы қайтарылды.
1958 жылдан бастап 1966 жылы қайтыс болғанына дейiн ол ғылым және оқу үрдiсiн ұйымдастыру саласында қажырлы еңбек еттi. Е. Бекмаханов 1962 жылы Қазақ КСР Ғылым академиясына корреспондент мүше болып сайланды.
Тарих ғылымына тер төгiп, еңбегi сiңген қазақтың бiртуар азаматы артынан болашақ ұрпақ үшiн өшпес мұра қалдырып кеттi.
