Нағыз саңырауқұлақтар алты класқа бөлінеді.
Хитридиомицеттер (Chytridiomycеtes) класы мицелийдің болмауы немесе ценоцитті (жасушалық емес) мицелийінің болуымен сипатталады. Бұл кластың өкілдері жыныссыз (зооспоралармен) немесе жынысты жолмен көбейеді. Зооспоралар және гаметалардың (планогаметалар) артқы жағынан бір талшығы болады. Көптеген Chytridiomycеtes – су ағзалары, бірақ кейбіреулері топырақта, өсімдік ұлпаларында паразит ретінде немесе өлі өсімдік қалдықтарында мекен етеді.
Оомицеттер (Oomycetes) класы жынысты көбеюі оогамия арқылы, ал жыныссыз көбеюі қозғалғыш зооспоралары (екі талшықты) арқылы жүзеге асатын ағзалар тобын құрайды. Көптеген оомицеттер – жер бетіндегі қатаң паразиттер, олар өздерінің барлық тіршілігін өсімдік – қожайынында өткізеді. Оомицеттерге фитопатогенді саңырауқұлақтар, мысалы, Pithium, Phytophthora ауыл шаруашылық өсімдіктерінің ауру қоздырғыштары жатады.
Зигомицеттер (Zygomycetes) класы - өзінің дамуы барысында қозғалу сатысынан айырылған ағзалар тобын құрайды. Бұл класс өкілдерінде жынысты көбею жиі кездеседі. Жыныссыз көбеюі қозғалмайтын спорангиеспоралар немесе конидийлер арқылы жүзеге асырылады. Zygomycetes класына Mucorales қатары жатқызылады, бұл қатарға жататын көптеген ағзалар топырақта кең таралған. Mucorales қатарына жататын саңырауқұлақтар жақсы жетілген және бұтақталған бір жасушалы мицелийден тұрады, оның үстінде жеміс түзуші гифтер – спорангий ұстағыштар жетіледі. Жыныссыз көбеюі қозғалмайтын спорангиеспоралардың ішінде түзілетін спорангийлер арқылы жүреді. Mucorales қатарына бірнеше тұқымдастар кіреді. Олардың ішінде Mucor, Thamnidium, Rhizopus туыстарын атауға болады.
Аскомицеттер (Ascomycetes) класы. Аскомицеттер немесе қалталы саңырауқұлақтар ең көп тараған саңырауқұлақтар класы болып табылады. Олардың қатты бұтақталған, көп жасушалы мицелийі болады. Көбеюі негізінен конидийлер көмегімен жүзеге асырылады. Сонымен қатар олар жынысты жолмен – қалтада (аскада) жыныс жасушаларының (гаметалар) ядроларының қосылуынан соң пайда болатын аскоспоралар арқылы көбейеді. Аскада 2-4 немесе 6-8 аскоспоралар түзіледі. Гифалардың жиынтығынан әртүрлі пішінді жемісті денелер түзіледі: клейстотециялар – жабық (плектомицеттерге тән), перитеция – бөтелке немесе құмыра тәрізді аузы жартылай ашық, апотеция – табақ тәрізді ашық жемісті дене. Аскомицеттерге топырақта жиі кездесетін Chaetomium туысының өкілдерін, қастауыштарды жатқызуға болады.
Базидиомицеттер (Basidiomycetes) класы. Бұл саңырауқұлақтың денесінің вегетативті бөлігі көпжасушалы гифалардан құралған мицелийден тұрады. Ядросы дифференцияланған, жынысты көбеюі базидийлер – аскомицеттердің қалталарының қызметіне ұқсас түзілімдер арқылы жүзеге асырылады. Әрбір базидий гамета – ядролардың қосылуынан соң жаңа мицелийдің түзілуіне бастама береді. Базидиомицеттерге ауыл шаруашылық өсімдіктерінің ауру қоздырғыштары, мысалы, тат және қара күйе ауруларының қоздырғыштары, ағаш зиянкесі (үй саңырауқұлағы – Serpula lacrymans), көптеген жоғары сатыдағы, соның ішінде жеуге жарамды саңырауқұлақтар, сонымен қатар әртүрлі органикалық қалдықтардың ыдырауына белсенді қатысатын сапрофиттер жатады.
Дейтеромицеттер (Deuteromycetes (Fungi imperfecti)) класы – жетілмеген саңырауқұлақтар, олардың денесі бөлшектенген мөлдір немесе боялған көпжасушалы гифтерден және сирек жағдайда бүршіктенген жасушалардан тұрады. Көбеюі тек жыныссыз жолмен, жекелеген немесе топтаса орналасқан конидий ұстағыштарда немесе пикнида деп аталатын арнайы түзілімдерде пайда болатын конидийлер арқылы жүреді. Топырақта аталған кластың Cephalosporium, Trichoderma, Cladosporium, Alternaria, Fusarium, және т.б. өкілдері жиі кездеседі.
Ашытқылар және ашытқы тәрізді саңырауқұлақтар Ascomycetes, Basidiomycetes және Deuteromycetes кластарының өкілдері болып табылады.
Ascomycetes класына Endomycetales қатарына кіретін ашытқы тәрізді қалталы, эндоспора түзетін саңырауқұлақтар жатады. Бұл қатарға Saccharomycetaceae тұқымдасы жатады, өкілдері әлсіз мицелий түзеді немесе мүлдем мицелий түзбейді. Бұл бір жасушалы сопақ пішінді ағзалар. Көбеюі бүршіктену немесе бөліну арқылы жүреді. Аталған тұқымдасқа жақсы зерттелген Saccharomyces туысы жатады, оның көптеген түрлері (мысалы, Saccharomyces cerevisiae) тамақ өнеркәсібінде үлкен маңызға ие, бұл ашытқылар бүршіктеніп көбейеді, Schizosaccharomyces туысы да осы тұқымдасқа жатқызылады. Олардың көбеюі бөліну арқылы жүзеге асырылады.