Кеңес Одағы ыдыраған соң, бұрынғы дәстүрлі байланыстар үзіліп, ел экономикасына едәуір нұқсан келді. Бүгінгі таңда Қырғызстан нарықтық экономика жүйесіне көшуге талпыныстар мен әрекеттер жасауда. Елдегі жиынтық жалпы өнім мөлшері 2008 жылғы мәлімет бойынша 12 миллиард АҚШ долларын құрайды. Оның 47%-ы ауыл шаруашылығы өнімдерінің, 12%-ы өнеркәсіп, ал 41%-ы өндіруші емес саланың үлесіне тиесілі.
Өнеркәсіптің негізгі маманданған салалары электр энергетикасы, тамақ өнеркәсібі және жеңіл өнеркәсіп, тірсті металлургия болып табылады. Электр энергиясын өндіру оңтүстіктегі Нарын өзені мен оның салаларында орналасқан СЭС тізбегіне негізделеді. Олардың ең ірісі—Тоқтағұл СЭС-і, жылына 4 миллиард кВт/сағ электр энергиясын өндіреді. Бұл салаға қазіргі кезде өте көп шетел және Ресей қаржысы жұмсалуда. Отын өнеркәсібі Ош және Жалалабад облыстарындағы қоңыр көмір мен Ыстықкөл қазаншұңқырынан өндірілетін таскөмір негізінде өркендеуде.
Жеңіл өнеркәсіп өнімдері көлемі күннен-күнге артуда, жүн түту, кігіз басу, кілем тоқу, тері-былғары илеу сияқты салалары өркендеуде. Елдің оңтүстігінде мақта өңдеу мен жібек шаруашылығы дамыған. Тамақ өнеркәсібі жергілікті шикізатты өндеуге бағытталған.
Түсті металлургия, негізінен, сыртқа өнім шығаруға маманданған. Ош облысындағы Қадамжай комбинаты өндіретін сурьма халықаралық нарықта эталон ретінде бағаланады. Осы облыстағы Хайдарқан елді мекені жанындағы сынап кенінің маңызы аса зор. Мұнда қосымша қорғасын-мырыш концентраты алынып, одан әрі өңдеуге Қазақстанға жіберіледі. Жаңа іске қосылған алтын (Жалалабад облысындағы "Макмалалтын"), сондай-ақ қалайы (Ыстыккөл облысының оңтүстік-шығысы) комбинаттары шетелдік қаржы көмегімен ғана жұмыс істеуде.
Қырғызстан — Орта Азиядағы бірден-бір мал шаруашылығы басым ел. Ол Қырғызстан жерінің басым бөлігінің таулы болуымен, өнделетін жер үлесі көрсеткітттінің төмендігімен түсіндіріледі. Өнделетін жерлердің басым көпшілігі Шу облысында шоғырланған, оның 25%-ы шабындықтардың үлесіне тиеді. Шу аңғарын бойлай 200 км-ге созылған Үлкен Шу каналы өтеді, одан егістіктер мен бау-бақшаларға су жеткізетін көптеген тармақтар бөлінеді. Нарын облысында жайылымдардың, әсіресе қысқы жайылымдардың үлесі басым. Елдің оңтүстігіндегі Ферғана жотасының беткейлерінде пішен дайындалады.
Қырғызстан қой малының саны мен жүн өндіруден ТМД елдері арасында Ресей мен Қазақстаннан кейін 3-орын алады. Соңғы жылдары қой саны 4,5 млн басқа дейін қысңарды. Негізінен, биязы жүнді, жартылай биязы жүнді қойлар бағылады. Тауалды белдеуі мен орта таулы аудандарда етті-сүтті бағыттағы ірі қара мал, биік тауларда қодас өсіріледі. Жылқы малының саны салыстырмалы түрде кеп (300 мың бас), Қазакстанда бұл көрсеткіш 985 мың басқа жеткен. Таулы аудандардағышаруашылықтарда қырғыз халқының сүйікті сусыны — қымыз дайындалады. Ыстықкөл жағалауында асыл тұқымды жылқылар есіретін шаруашылықтар бар.
Егіншілік құрылымында 50%-ын дәнді дақылдар, 41%-ын малазықтық шөптер құрайды, қалғаны техникалық және көкөніс-бақша дақылдарының үлесіне тиеді. Ферғана аңғарында мақта және темекі өсіріледі, Шу облысында қант қызылшасының егістіктері қалпына келтірілуде. Елдің солтүстігі мен оңтүстігінде жүзімдіктер мен жеміс бақтары едәуір алқаптарды қамтиды. Жалалабад облысында табиғаттың қайталанбас ескерткіші болып саналатын грек жаңғағының реликтілік ормандары өседі.