Үлкен кеңесжоғарғы билік болып табылды, оған ақсүйектер мен Едіге ұрпақтары енді. Кеңес соғыс пен бейбітшілік мәселелерін шешті. Едіге ұрпақтарынан төбе биді сайлады. Би бүкіл атқарушы және сот билігіне ие болды. Бұдан басқа ісқағазын жүргізіп, тұрғындардан салық жинауды реттейтін арнайы басқару жүйесі жұмыс істеді.
Ноғай ақсүйек қауымының малы қисапсыз көп еді. Олар жайылымдар мен аң аулау аймақтарын өз ықпалында ұстады. Мұның бәрі рулық қауымның меншігі саналатын.
XVI ғасырдың басында Ноғай Ордасында құлдырау кезеңі басталды. XVI ғасырдың 50-жылдары (Қазан және Астрахан хандықтары Ресейге қосылғаннан кейін) Ноғай Ордасы бірнеше дербес иеліктерге бөлінді. Маңғыттардың билігінде тек Жайық бойы аймақтары ғана қалды. Ноғай Ордасындағы көшпелі рулардың бір бөлігі Кіші жүз құрамына енді. Енді бір бөлігі ноғай халқының негізін қалады.
Орданы мекендеген тайпалар қазақ халқының этникалық қалыптасуында маңызды рөл атқарды. Шоқан Уәлиханов ноғайлар мен қазақтарды «екі туысқан Орда» деп атады.
Едіге, Қамбар батыр, Ер Тарғын және басқа батырларға арналған көптеген эпостар Ноғай Ордасы өркендеу дәуірінің белгісі болыптабылады.
Сібір хандығы. Батыс Сібір мен Солтүстік Қазақстан жерлері Жошы ұлысының құрамына еніп, Шайбани әулетіне тиесілі болды.
Сібір хандығының халқын түркі тілдес тайпалар құрады. Орталығы Чимги-Тура (қазіргі Түмен қаласы), XV ғасырдың соңында Іскер қаласы саналды.
Әбілқайыр хандығы құлағаннан кейін дербес Сібір хандығы орнықты. Бұл хандық Қазақстанның солтүстік-шығыс бөлігін де қамтыды.
Хандықтың негізін Шайбани ұрпағы Ибақ хан қалады. Оның тұсында Сібір хандығы қазақ хандары Керей, Жәнібекпен және орыс патшасымен достық, одақтастық туралы келісім жасап, сауда қатынастарын орнатты. Алайда Ибақ хан өлгеннен кейін мемлекетте жергілікті ақсүйектер қауымы - түркілік тайбұға әулеті (негізін салушы - Тайбұға) басымдыққа ие болды. Тайбұға әулетінен жоғары билікті иеленген Сібір мырзалары шықты. XV ғасырдың соңында орталық Іскер қаласына көшірілді.
