96
Bruker Daltonik MALDI Biotyper
Classification Results
Project Info:
Project Name:
kmvd akkenze 01082016
Project Description:
Project Owner:
Admin@FLEX-D127-PC
Project Creation Date/Time:
2016-08-01T13:48:50.012
Project Analyte Count:
64
Project Type:
Development
Validation:
not present
Result Overview
Analyte
Name
AnalyteI
D
Organism(best
match)
ScoreValue
Organism(second
best match)
ScoreValu
e
B21
( + ) ( B )
1-1C
Clostridium
butyricum
1.853
Clostridium
butyricum
1.772
B22
( + ) ( B )
1-1C
Clostridium
butyricum
1.991
Clostridium
butyricum
1.889
B23
( + ) ( B )
1-4C
Clostridium
butyricum
1.814
Clostridium
butyricum
1.709
B24
( + ) ( B )
1-4C
Clostridium
butyricum
1.902
Clostridium
butyricum
1.841
C1
( + ) ( B )
1-5C
Clostridium
butyricum
1.999
Clostridium
butyricum
1.984
C2
( + ) ( B )
1-5C
Clostridium
butyricum
1.973
Clostridium
butyricum
1.877
C3
( ++ ) ( B )
2-1C
Lactobacillus
plantarum
2.207
Lactobacillus
plantarum
2.205
C4
( ++ ) ( B )
2-1C
Lactobacillus
paraplantarum
2.227
Lactobacillus
plantarum
2.158
C5
( +++ ) ( A )
2-5C
Escherichia coli
2.318
Escherichia coli
2.185
C6
( +++ ) ( B )
2-5C
Escherichia coli
2.306
Escherichia coli
2.161
C7
( ++ ) ( A )
2-7C
Escherichia coli
2.217
Escherichia coli
2.158
C8
( ++ ) ( A )
2-7C
Escherichia coli
2.215
Escherichia coli
2.192
C9
( +++ ) ( A )
3-2M
Enterococcus
faecium
2.385
Enterococcus
faecium
2.319
Сурет 5 - Bruker Daltonik MALDI Biotyper құрылғысында жүргізілген
зерттеулер нәтижесі, бет 1
97
C10
(+++ ) ( A )
3-2M
Enterococcus
faecium
2.412
Enterococcus
faecium
2.407
C11
(+++ ) ( A )
3-4M
Enterococcus
faecium
2.434
Enterococcus
faecium
2.294
C12
(+++ ) ( A )
3-4M
Enterococcus
faecium
2.489
Enterococcus
faecium
2.408
C13
(+++ ) ( A )
3-7M
Enterococcus
faecium
2.442
Enterococcus
faecium
2.281
C14
(+++ ) ( A )
3-7M
Enterococcus
faecium
2.454
Enterococcus
faecium
2.383
C15
( ++ ) ( A )
4-2M
Leuconostoc
mesenteroides
2.127
Leuconostoc
mesenteroides
1.949
C16
( ++ ) ( A )
4-2M
Leuconostoc
mesenteroides
2.193
Leuconostoc
mesenteroides
2.032
C17
(+++ ) ( A )
4-7M
Enterococcus
faecium
2.396
Enterococcus
faecium
2.308
C18
(+++ ) ( A )
4-7M
Enterococcus
faecium
2.442
Enterococcus
faecium
2.416
C19
( + ) ( B )
4-3M
Leuconostoc
mesenteroides
1.932
Leuconostoc
mesenteroides
1.769
C20
( + ) ( B )
4-3M
Leuconostoc
mesenteroides
1.948
Leuconostoc
mesenteroides
1.882
C21
( - ) ( C )
5-1M
not
reliable
identification
1.426
not
reliable
identification
1.368
C22
( - ) ( C )
5-1M
not
reliable
identification
1.569
not
reliable
identification
1.42
C23
( + ) ( B )
5-2M
Lactobacillus
ultunensis
1.823
Lactobacillus
ultunensis
1.712
C24
( - ) ( C )
5-2M
not
reliable
identification
1.471
not
reliable
identification
1.47
D1
( - ) ( C )
5-5M
not
reliable
identification
1.435
not
reliable
identification
1.404
D2
( - ) ( C )
5-5M
not
reliable
identification
1.355
not
reliable
identification
1.343
D3
( + ) ( B )
6-2M
Lactobacillus
kefiranofaciens
1.915
Lactobacillus
ultunensis
1.71
Сурет 5, бет 2
98
D4
( + ) ( B )
6-2M
Lactobacillus
kefiranofaciens
1.936
Lactobacillus
ultunensis
1.74
D5
( + ) ( B )
6-5M
Streptococcus
sanguinis
1.703
not
reliable
identification
1.664
D6
( + ) ( B )
6-5M
Streptococcus
sanguinis
1.951
Streptococcus
sanguinis
1.924
D7
( + ) ( B )
6-10M
Lactobacillus pontis 1.733
not
reliable
identification
1.549
D8
( + ) ( B )
6-10M
Lactobacillus pontis 1.71
not
reliable
identification
1.563
D9
( - ) ( C )
6-12M
not
reliable
identification
1.552
not
reliable
identification
1.528
D10
( - ) ( C )
6-12M
not
reliable
identification
1.605
not
reliable
identification
1.528
D11
( ++ ) ( A )
7-1M
Lactococcus lactis
2.282
Lactococcus lactis
2.15
D12
( ++ ) ( A )
7-1M
Lactococcus lactis
2.247
Lactococcus lactis
2.147
D13
( - ) ( C )
7-1C
not
reliable
identification
1.366
not
reliable
identification
1.332
D14
( - ) ( C )
7-1C
not
reliable
identification
1.303
not
reliable
identification
1.296
D15
( - ) ( C )
7-2C
not
reliable
identification
1.438
not
reliable
identification
1.395
D16
( - ) ( C )
7-2C
not
reliable
identification
1.4
not
reliable
identification
1.31
D17
( ++ ) ( A )
7-4M
Lactococcus lactis
2.265
Lactococcus lactis
2.183
D18
( ++ ) ( A )
7-4M
Lactococcus lactis
2.212
Lactococcus lactis
2.13
D19
( - ) ( C )
7-5C
not
reliable
identification
1.445
not
reliable
identification
1.356
D20
( - ) ( C )
7-5C
not
reliable
identification
1.365
not
reliable
identification
1.357
D21
( - ) ( C )
7-6C
not
reliable
identification
1.512
not
reliable
identification
1.481
D22
( - ) ( C )
7-6C
not
reliable
identification
1.522
not
reliable
identification
1.491
D23
( ++ ) ( A )
7-8M
Lactococcus lactis
2.205
Lactococcus lactis
2.175
Сурет 5, бет 3
99
D24
( ++ ) ( A )
7-8M
Lactococcus lactis
2.19
Lactococcus lactis
2.042
E1
( - ) ( C )
8-1C
not
reliable
identification
1.654
not
reliable
identification
1.624
E2
( - ) ( C )
8-1C
not
reliable
identification
1.672
not
reliable
identification
1.589
E3
( ++ ) ( A )
8-2M
Lactobacillus
paracasei
2.219
Lactobacillus
paracasei
2.089
E4
( ++ ) ( A )
8-2M
Lactobacillus
paracasei
2.035
Lactobacillus
paracasei
1.994
E5
( - ) ( C )
8-4M
not
reliable
identification
1.507
not
reliable
identification
1.441
E6
( + ) ( B )
8-4M
Lactobacillus
delbrueckii
1.701
not
reliable
identification
1.559
E7
( ++ ) ( A )
8-6M
Lactobacillus brevis 2.107
Lactobacillus brevis
2.073
E8
( ++ ) ( A )
8-6M
Lactobacillus brevis 2.148
Lactobacillus brevis
2.09
E9
( - ) ( C )
8-9M
not
reliable
identification
1.656
not
reliable
identification
1.432
E10
( + ) ( B )
8-9M
Lactobacillus
paralimentarius
1.715
not
reliable
identification
1.528
E11
( - ) ( C )
T57
not
reliable
identification
1.665
not
reliable
identification
1.649
E12
( - ) ( C )
T57
not
reliable
identification
1.687
not
reliable
identification
1.665
Сурет 5, бет 4
Жүргізілген зерттеулер сүт қышқылды бактериялардың ақуыз профилі
және классикалық биохимиялық әдіс бойынша сәйкестендіру нәтижелерінде
айырмашылықты анықтауға мүмкіндік берді. Алайда, облигатты анаэробтар -
бифидобактериялар өкілдері үшін сәйкестендіру әдістерінің салыстырмалы
талдау деректері қол жетімсіз екенін анықтадық. Bruker Daltonik MALDI
Biotyper құрылғысында жүргізілген зерттеулер нәтижесі, яғни өсінділерді
классификациялау нәтижелері жоғарыдағы суретте көрсетілген.
3.4.4 Штаммдардың таксономиялық қасиеттерінің желілігін 16S рРНК
пайдалана отыра зерттеу
Ашыту штаммдарының таксономиялық сипаттамаларын зерттеу үшін
бөлінген және тазартылған ДНҚ және биоинформатикалық бірлікті
секвенирлеу жүргізілді (ДНҚ концентрациясы) (6-сурет).
Микроорганизмдердің таксономиялық топтарын генетикалық деңгейде
растау мақсатында сүт қышқылды бактерияларының алты штаммының 16s
100
рРНК,
бифидобактериялардың
бір
штаммы
(
Lb.acidophilus
015k-1
,
Lb.acidophilus
021ch-4
,
Lb.bulgaricus
08ch-1
,
Lb.acidophilus
018k-3
,
Lc.lactis
010k,
Str.thermophilus
042k-2
,
B. bifidum 4-7б
) қолданылды (11-кесте).
ДНҚ секвенирленуі рРНК микробтық жүйелілігінің тапсырмасының
сақталған мәндерін қамтитын GenBank Graphics деректер базасында BLAST
бағдарламасының көмегімен сәйкестендірілді.
Сурет 6 –Электрофорез нәтижелері. Сүт қышқылды бактериялар
штаммдарынан бөлінген ДНҚ концентрациясы
Зерттелетін өсінділердің 16s нуклеотидті бірізділігі микроорганизмдердің
типтік штаммдарының тізбектерімен салыстырылды. Талдау нәтижесінде
гомологияның жоғары деңгейі анықталды (97% жоғары). Біз жүргізген 16s
генді секвенирлеу зерттелетін штаммдардың генетикалық деңгейде аталған
түрлерге жататынын дәлелдеді.
Осылайша, BLAST бағдарламасының көмегімен ашытқы штаммдарының
таксономиялық сипаттамаларын зерттеу толық расталды.
Секвенирлеу Шығыс Финляндия университетінің, Қоғамдық денсаулық
сақтау және клиникалық тамақтану интитутында өткізілді.
Зерттелген өсінділердің қалған бөлігін тікелеу идентификациялау
жұмыстары Чехия мемлекеті, Прага қаласындағы Чехия ғылым
академиясының «Жануарлар физиологиясы және генетикасы» зертханасында
жүргізілген болатын.
16S рРНК генінің толық фрагментін алу үшін амплификациялау
жұмыстары 616V, 630R және FD1 , RP2 праймерлерін пайдалана отырып
жүргізілді. Амплификация жұмысының ең маңызды сатысы – дұрыс режимді
таңдай білу. Сондықтан да зерттеу жұмыстары кезінде 2 түрлі режим
M 1
00 bp
4
-7b
0
2
1
ch
-4
01
8
k
- 3
0
8
ch
-1
0
1
5
k
-1
0
1
0
k
0
4
2
k
-2
M 100 bp
101
қолданылды. Полимеразды тізбекті реакция көмегімен ДНҚ амплификациялау
жұмысы реакциясының қойылу бағдарламалары төменде келтірілді. Алғашқ ы
PCR бағдарламасы : 104
0
C
94°C ..................... 5 мин
94°C ..................... 45sec
52°C ..................... 1 мин
31 айналым
72°C ..................... 1 мин 30с
72°C ..................... 6 мин
15°C........................ 0 0
START 2 сағат 15мин
PCR бағдарламасы : 99 C
92°C ..................... 5 мин
92°C ..................... 1 мин
52°C ..................... 1 мин 30с
34 айналым
72°C ..................... 2 мин
72°C ..................... 5 мин
15°C........................ 0 0
START 2 сағат 15 мин
Сурет 7 (a,b) – Электрофорез қою кезеңі
Амплификация термоциклердің (кәсіби градиент Thermocycler Biometra
T) көмегімен орындалды, содан кейін 1,5% агарозды электрофорез (110 В, 30
минут) арқылы УК-шамның астында расталды. Нәтижесі төмендегі суретте
көрсетілген.
102
Сурет 8 -616V, 630R және FD1 , RP2 праймерлерін салыстырмалы қолдану
кезіндегі электрофорез көрінісі
Хаттама бойынша өсінділердің ДНҚ концентрациясы арнайы қондырғыда
өлшенді. Комапьютерлік экранында әрбір өсіндінің атаулары енгізіліп,
нәтижелері төмедегі кесте түрінде сақталып алынды.
Достарыңызбен бөлісу: |