FD1 RP2
616V 630R
2-1C3
4-2M
4-3M
4-7M
5-2M
5-5M
6-2M
6-5M
6-10M
7-1M
7-4M
7-8M
8-1C
8-2M
8-4M
8-6M
9-2M
9-3M
103
Кесте 17 – ДНҚ концентрациясын өлшеу нәтижелері
Өсінді
атауы
Нуклеин
қышқылы
(ng/uL)
A260/A280
A260/A230
A260
A280
Нуклеин
қышқылы
факторы
10/20/2016
12:58:49
PM
2-1С3
63.511
1.737
1.100
1.270
0.731
50.00
10/20/2016
1:00:00 PM
4-2M
58.206
1.799
1.764
1.164
0.647
50.00
10/20/2016
1:00:58 PM
4-3M
58.892
1.707
0.945
1.178
0.690
50.00
10/20/2016
1:01:48 PM
4-7M
88.411
1.735
1.096
1.768
1.019
50.00
10/20/2016
1:02:37 PM
5-2M
48.732
1.798
1.532
0.975
0.542
50.00
10/20/2016
1:03:29 PM
5-5M
68.730
1.761
1.228
1.375
0.780
50.00
10/20/2016
1:04:14 PM
6-5M
64.025
1.823
1.900
1.281
0.702
50.00
10/20/2016
1:04:57 PM
6-10M
44.106
1.820
1.576
0.882
0.485
50.00
10/20/2016
1:05:48 PM
7-1M
39.857
1.845
1.573
0.797
0.432
50.00
10/20/2016
1:06:35 PM
7-4M
50.900
1.784
1.456
1.018
0.571
50.00
10/20/2016
1:07:22 PM
7-8M
42.232
1.809
1.927
0.845
0.467
50.00
10/20/2016
1:08:12 PM
8-2M
47.421
1.827
1.695
0.948
0.519
50.00
10/20/2016
1:09:00 PM
8-4M
72.964
1.720
1.015
1.459
0.848
50.00
10/20/2016
1:09:46 PM
8-9M
73.490
1.722
1.137
1.470
0.853
50.00
10/20/2016
1:10:29 PM
9-2M
84.340
1.707
1.052
1.687
0.988
50.00
10/20/2016
1:11:21 PM
9-3M
95.669
1.713
1.061
1.913
1.117
50.00
Алғашқы зерттеулерден ДНҚ бөліп алу үрдісі дұрыс жүргізілмеген 5
өсіндімен жұмыс қайта жүргізілді. Электрофероз нәтижесі 9 суретте төменде
көрсетілген.
104
Сурет 9 – Оң нәтиже бермеген штаммдармен қайта жүргізілген электрофорез
нәтижесі
Бұл ретте 015к-1, 6-2М, 7-1М, 8-1С, 9-2М өсінділерінің алынған ДНҚ
концентрациясы тағы да төмен болды. Яғни 015к-1 үшін – 35,2; 7-1М – 20,8; 8-
1С – 20,1; 9-2М үшін 31,11 көрсетті. Алайда бұл өсінділер секвенирлеуге
жіберу үшін арнайы қайта дайындалды. Сәйкесінше 015к-1 үшін 6 µl сынамаға
0,5 µl праймер және 3.5 µl су қосылып, 7-1M өсіндісі үшін 9 µl сынамаға 0,5 µl
праймер және 0.5 µl су; 8-1C, 9-2M өсінділері үшін 6 µl сынамаға 0.5 µl
праймер және 3,5 µl су қосылып әзірленді.
Зерттелген штаммдардың таксономиялық қасиеттерінің желілігін 16S р-
РНҚ пайдалана отыра зерттеу нәтижелері өсінділерді 100 пайыз түрге дейін
ажыратуға мүмкіндік берді. Хаттама бойынша тазартылып, дайын болған
өсінділер GATC Biotech компаниясында секвенирленді.
5-2M өсіндісі >16_3063_P00_009F_9 sequence exported from 9.ab1
CCTAATACATGCAAGTCGAGCGAGCAGAACCAGCAGATTTACTTCGGTAATGANGCTGGG
GACGCGAGCGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGGAACCTGCCCCATAGTCTGGGATACC
ACTTGGAAACAGGTGCTAATACCGGATAAGAAAGCAGATCGCATGATCAGCTTATAAAAG
ACGGCGTAAGCTGTCGCTATGGGATGGCCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGCAAGGTAAC
GGCTTACCAAGGCAATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACATTGGGACTG
AGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAG
TCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTG
GTGAAGAAGGATAGAGGTAGTAACTGGCCTTTATTTGACGGTAATCAACCAGAAAGTCAC
GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTAT
TGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGAAGAATAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTAACC
GAGGAACTGCATCGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAACTCCATGT
GTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTC
TGCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGT
CCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGAGGTTTCCGCCTCTCAGTGCTGCAGCT
AACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGA
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA
CCAGGTCTTGACATCTAGTGCCATCCTAAGAGATTAGGAGTTCCCTTCGGGGACGCTAAG
ACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTC
Lbc. helveticus 99.71 %
015k-1
6-2M
7-1M
8-1C
9-2M
FD1
RP 2
616V
630R
105
5-5M>16_3063_P00_010F_10 sequence exported from 10.ab1
GATGCTAATACCGCATAATAATCAAAACCACATGGTTTTGATTTCAAAGATGGCTTCGGC
TATCACTACAGGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAG
GCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGAACTGAGACACGGTCC
ATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGC
AACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTGAAGAAGAACGT
GCGTGAGAGTAACTGTTCATGCAGTGACGGTATTCAACCAGAAAGTCACGGCTAACTACG
TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAG
CGAGCGCAGGCGGTTACTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGAAGAAGTGCA
TCGGAAACTGGGTGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGA
ATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGCAACTGACG
CTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAA
ACGATGAGTGCTAAGTGTTGGAGGGTTCCGCCTTCATGCCGGAGCTACGCATTAGCCTCC
Lbc. pontis 99.75%
>16_3063_P00_011F_11 sequence exported from 11.ab1 6-12M
TGCAAGTCGAGCGCACTGGCCCAACTGATATGACGTGCTTGCACTGATTTGACGATGGAT
TACCAGTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGGAGCGGGGGATA
ACATTTGGAAACAGATGCTAATACCGCATAATAATCAAAACCACATGGTTTTGATTTCAA
AGATGGCTTCGGCTATCACTCCAGGATGGGCCCGCGGTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTA
ACGGCTTACCAAGGCGATGATGCATAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGAAC
TGAGACACGGTCCATACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCA
AGCCTGATGGAGCAACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGT
TGAAGAAGAACGTGCGTGAGAGTAACTGTTCATGCAGTGACGGTATTCAACCAGAAAGTC
ACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTT
ATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTACTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAA
CCGAAGAAGTGCATCGGAAACTGGGTGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCAT
GTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGG
TCTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTA
GTCCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCCGGAG
CTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATT
GACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCTACGCGAAGAACCT
T
Lbc. pontis 100.0%
>16_3063_P00_012F_12 sequence exported from 12.ab1 7-4M
TGCCTAATACATGCAAGTTGAGCGCTGAAGGTTGGTACTTGTACCAACTGGATGAGCAGC
GAACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGA
ATGCTAATACCGCATAAAAACTTTAAACACAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCAT
CACTCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCG
ATGATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAA
CTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAAC
GCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGG
TGAGAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTG
CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCG
AGCGCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTG
GAAACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATG
CGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTG
AGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG
ATGAGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACT
CCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAA
GCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATA
CTCGTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGG
Lactococcus lactis subsp. hordniae 99.90%
>16_3063_P00_013F_13 sequence exported from 13.ab1 7-8M
CTAATACATGCAAGTTGAGCGCTGAAGGTTGGTACTTGTACCGACTGGATGAGCAGCGAA
CGGGTGAGTAACGCGTGGGGAATCTGCCTTTGAGCGGGGGACAACATTTGGAAACGAATG
CTAATACCGCATAAAAACTTTAAACACAAGTTTTAAGTTTGAAAGATGCAATTGCATCAC
TCAAAGATGATCCCGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGATG
ATACATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTC
CTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGACGAAAGTCTGACCGAGCAACGCC
GCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGGTAGAGAAGAACGTTGGTGA
GAGTGGAAAGCTCATCAAGTGACGGTAACTACCCAGAAAGGGACGGCTAACTACGTGCCA
GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGC
GCAGGTGGTTTATTAAGTCTGGTGTAAAAGGCAGTGGCTCAACCATTGTATGCATTGGAA
ACTGGTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGT
AGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCCTGTAACTGACACTGAGG
CTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAGATGTAGGGAGCTATAAGTTCTCTGTATCGCAGCTAACGCAATAAGCACTCCG
106
CCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG
GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTC
GTGCTATTCCTAGAGATAGGAAGTTCCTTCGGGACACGGGATACAGGTGGTGCATGGTTG
TCGTCAGCTCGTGTC
Lactococcus lactis subsp. lactis 100.0%
>16_3063_P00_014F_14 sequence exported from 14.ab1 8-2M
AAACAGATGCTAATACCGCATAGATCCAAGAACCGCATGGTTCTTGGCTGAAAGATGGCG
TAAGCTATCGCTTTTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCA
CCAAGGCGATGATACGTAGCCGAACTGAGAGGTTGATCGGCCACATTGGGACTGAGACAC
GGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCTGAT
GGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTGGAGAAG
AATGGTCGGCAGAGTAACTGTTGTCGGCGTGACGGTATCCAACCAGAAAGCCACGGCTAA
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCG
TAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTACCGAGGAAG
CGCATCGGAACTGGGAAACTTGAGTGCGAAGAGGACGTGGAACTCCTGTGTAGCGGTGAA
TGCGTAGATTATGGAAGAACCCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTACTGACGCTGA
GGCTCGAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGAT
GAATGCTAGGTGTTGGAGGGTTCCGCCTTC
Lactobacillus paracasei subsp. tolerans 99.71 %
>16_3063_P00_015F_15 sequence exported from 15.ab1 8-4M
CTAATACATGCAAGTCGAGCGAGCTGAATTCAAAGATTCCTTCGGGATGATTTGTTGGAC
GCTAGCGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGCAATCTGCCCTAAAGACTGGGATACCACT
TGGAAACAGGTGCTAATACCGGATAACAACATGAATCGCATGATTCAAGTTTGAAAGGCG
GCGCAAGCTGTCACTTTAGGATGAGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGC
CTACCAAGGCAATGATGCGTAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACATTGGGACTGAGA
CACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGACGCAAGTCT
GATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTGGTG
AAGAAGGATAGAGGCAGTAACTGGTCTTTATTTGACGGTAATCAACCAGAAAGTCACGGC
TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGG
GCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGAATGATAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTG
GAACTGCATCGGAAACTGTCATTCTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTA
GCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGTCTGC
AACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA
TGCCGTAAACGATGAGCGCTAGGTGTTGGGGACTTTCCGGTCCTCAGTGCCGCAGCAAAC
GCATTAAGCGCTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGG
GGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA
GGTCTTGACATCCTGTGCTACACCTAGAAGATAGGTGGTTCCCTTCGGGGACGC
Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis 99.71 %
>16_3063_P00_016F_16 sequence exported from 16.ab1 8-9M
GGTGCTAATACCGCATAACAACTACTTTCTCATGATCGTAGCTTGAAAGATGGCTCTGCT
ATCGCTTTTGGATGGACCCGCGGCGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATAGCTCACCAAGG
CAATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA
AACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGAAAGCCTGATGGAGCA
ATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTGAAGAAGAACATG
CGTGAGAGTAACTGTTCACGTACTGACGGTATTCAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGT
GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGA
GAATGTAGGCGGTTTATTAAGTTTGAAGTGAAAGCCCTCGGCTCAACCGAGGAAGTGCTT
CGAAAACTGGTAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAA
TGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGTCTGTAACTGACGC
TGAGATTCAAAGCATGGGTAGCAACAGGATTAGATACCTGGTAGTCATGCCGTAACGATA
GTGCTAATGTTGGAGGGTTCCGCCCTTCGTGCTGCAGCTAACGCATTAGCACT
Lactobacillus crustorum 100.0%
>KY235374.1 Bifidobacterium crudilactis strain 71C 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
ATCCATCAAGCTTGCTTGATGGTGAGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGCGTGACTAACCTGCCTCATACA
CCGGAATAGCTCCTGGAAACGGGTGGTAATGCCGGATGCTCCAACATTTCACATGTTTTGTTGGGAAAGC
GTTAGCGGTATGAGATGGGGTCGCGTCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCTTCGAC
GGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA
GCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGCGGGATGAAGGCCTTCG
GGTTGTAAACCGCTTTTAATTGGGAGCAAGCGAGAGTGAGTGTACCTTTTGAATAAGCACCGGCTAACTA
CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTA
GGCGGTTTGTCACGCCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCTGCGCCGGGTACGGGCAGGCTA
GAGTGCAGTAGGGGAGATTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAAT
GGCGAAGGCAGATCTCTGGGCTGTTACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGAT
ACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGGTGGATGCTGGATGTGGGACCCTTCCACGGGTTCCGTGTCGGAGC
TAACGCGTTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGGCCC
GCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTAGGCTTGACATGTTTC
107
GGACAGCCCCAGAGATGGGGTCTCCCTTCGGGGCCGATTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGT
GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCTTGTGTTGCCAGCACGTTATGGTG
GGAACTCACAAGGGACCGCCGGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAGATCATCATGCCCCTT
ACGTCTAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAACGAGATGCGACATGGCGACATGAAGCGAATC
TCTTAAAACCGGTCTCAGTTCGGATTGGAGCCTGCAACTCGGCTCCATGAAGGCGGAGTCGCTAGTAATC
GCGAATCAGCAACGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTG
GGTAGCACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCTTTTTGGAGGGA
16S рРНК генінің толық реттілігі тура және жанама праймерлерден
алынған 2 реттілік негізінде құрастырылған болатын. Бұл мақсатта BioEdit
v7.2.5
бағдарламасы
қолданылды.
(http:
http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/page2.html сілтемесі бойынша қол жетімді).
3.4.5 Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD)
нәтижелері
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы кезінде
штаммдар сондай-ақ олардың іздерінің бейіндеріне сәйкес бағаланды. рРНК 16s
фрагменттерінің ПТР-амплификациясы үшін қолданылған геномдық ДНҚ
Mayer және тағы басқа ғалымдар сипаттаған ПТР кезеңінің бағдарламасын
қолдану арқылы кездейсоқ амплифицирленген полиморфты ДНҚ (RAPD)
талдауы үшін де қолданылды.
Бұл зерттеу жұмысы морфологиялық пішіні бойынша, фруктоза-6 фосфат
кетолазды талдау әдісі бойынша бифидобактериялар тобына жататындығы
расталған 4 штаммды молекулярлық әдіспен идентификациялау мақсатында
жүргізілді. Себебі 7-1С, 7-2С, 7-5С және 7-6С өсінділері 16s РНК тізбекті
талдау, тікелей белокты кескіндеудің экспресс-әдісі Maldi-TOF әдісімен
идентификациялау кезінде нақты нәтиже көрсетпеді. Бұл нәтиже аталған
өсінділердің базаға енгізілмеген бифидобактериялардың жаңа түрі болуы
мүмкін деген болжам жасауымызға бірден-бір түрткі болды.
Sakata және басқа да ғалымдармен 2002 жылы сипатталған кездейсоқ
амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD) нәтижесінде
зерттелген штаммдарды типтік штаммдармен салыстырмалы түрде зерттеу
үшін қолданылды. S13, S17 штаммдары Benesova және басқа да ғалымдармен
2014 жылы қой ірімшігінен бөлініп алынған болатын.
Кездейсоқ
амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы үшін қолданылған штаммдар
туралы толық мәліметтер төмендегі кестеде көрсетілген.
Кесте 18 - Зерттелген бифидобактерия штаммдарының шығу-тегі
Сынамалар
Идентификация нәтижесі
Шығу тегі
S13
B. crudilactis
Қой ірімшігі
Словакия мемлекеті
S17
B. crudilactis
BCRU
B. crudilactis
Шикі
сүт
LMG 23609
T
7-1C
B. crudilactis
Түйе сүті
Қазақстан
7-2C
B. crudilactis
7-5C
B. crudilactis
7-6C
B. crudilactis
LMG — Микробиология зертханасы, Гент Университеті, Бельгия
108
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдау (RAPD)
жұмыстары үшін GTG 5, 103R, 173, OPL13, OPa13, C2A23 праймерлері
қолданылды. Праймерлердің әрбір түрі үшін 7 штаммның (RAPD) ПТР
қоспасын дайындау үшін сәйкесінше 1 штамм үшін 12,5 µl ПТР мастер-микс,
10,5 µl су және 1 µl кері праймер қолданылды.
Төменде көрсетілген реттілік бойынша қолданылған әрбір 6 праймер үшін
эппендорф пробиркаларына 24 µl қоспа енгізіліп, амплификаторда
амплификация жұмысы жүргізілді.
Кесте 19 – Жүргізілген амплификациялаудың реті
1
GTG 5
24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
2
103R
24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
3
173
24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
4
OPL 13 24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
5
OPA13 24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
6
C2A23
24 µl +
7-1C
24 µl +
7-2C
24 µl + 7-
5C
24 µl +
7-6C
24 µl +
S13
24 µl +
S17
24 µl +
BCRU
Сурет 10 - Электрофорез көрінісі
Eztaxon құралын пайдалана отырып, 16s РНК генінің салыстырмалы
талдауының негізінде типтік
B. crudilactis
LGM 23609 (16s РНК генінің тізбегі
AY952449 тіркеу нөмірімен GenBank қол жетімді) штаммына ұқсас бірізділікке
109
ие болып, зерттелген 4 штаммның барлығы да
B.crudilactis
ретінде жіктелді.
Осылайша зерттелген штаммдар
B. сrudilactis
таксонымен сипатталатындығы
айқындалды. Жасалынған зерттеу жұмыстары нәтижесінде 7-1С штаммы
KY235374 сәйкестендіру нөмірімен GenBank енгізілді. Ол туралы нақты
деректер
осы
сілтеме
арқылы
қол
жетімді:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY235374
GenBank-ДНҚ және РНҚ барлық аннотацияланған тізбектерінен, сондай-
ақ оларда кодталған ақуыздардың тізбектерінен тұратын ашық қолжетімдіктегі
деректер базасы. GenBank АҚШ-тағы ұлттық денсаулық институттарының
құрамына кіретін АҚШ-тың Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығынан
(NCBI) қолдау алады және бүкіл әлемнің зерттеушілеріне тегін негізде қол
жетімді. GenBank 100 000 астам түрлі организмдер үшін әртүрлі зертханаларда
алынған деректерді алып зерттеушілер үшін біріктіреді.
Сурет 11 – RAPD-PCR негізделген зерттелген
Bifidobacterium
штаммдарының
дендрограмы.
Кездейсоқ амплификацияланған полиморфты ДНҚ талдауы (RAPD)
нәтижесі ең алғаш рет
Bifidobacterium
штаммының түйе сүтінде кездесетіндігін
растайды. Сонымен қатар, зерттеу жұмысы
B. crudilactis
штаммының ғылымда
ең алғаш рет еліміздің түйе сүтінен бөлініп алынғанымен және Германдық
деректер базасына енгізілгендігімен сипатталады (Қосымша Б) [108].
Достарыңызбен бөлісу: |