Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығы — Шығыс Қазақстан облысында, Оңтүстік Алтайдың шығысында Марқакөл қазаншұңқырында орналасқан. Ол солтүстігінде Күршім, оңтүстігінде Азутау жоталарының арасында орналасқан Алтайға тән тектоникалық ойпатты алып жатыр. Көл 1 449,3 метрлік абсолюттік биіктікте жатыр. Ең биік нүктесі — 3304,5 метр (Ақсу-Бас тауы).
Марқакөл қорығы - республикамызда құрылған алтыншы мемлекеттік қорық. Бұл қорықтың ұйымдастырылғандағы негізгі мақсат - маңайда сирек кездесетін бағалы аңдарды, құстарды, өсімдіктерді және көктемде балық уылдырық шашатын өзендер арналарын қорғап, сонымен бірге орман мен айдын көлдерін, тау, өзендердің әсем табиғатын табиғи қалыпта сақтау. 1976 жылы құрылған. Марқакөл қорығы – Шығыс Қазақстан облысындағы Алтай тауының, Азу мен Күршім жоталарының аралығындағы аса әсем Марқакөл шегінде орналасқан. Қорықтың жалпы ауданы 71 мың га, оның 44 мыңын көл айдыны құрайды. Оның 3756 гектары тегіс орман, ал жайылым 21 гектардан асады. Қорық аймағындағы климат қатаң континентті. Мұндағы Қазақстан аймағы үшін қаңтардың ең төмен орташа температурасы -26оС, -27оС, кейде аяз- 55 оС – қа дейін жетеді. Шілденің орташа температурасы + 14 оС, + 17 оС, ең жоғарғысы + 30 оС- қа дейін жетеді. Жауын-шашынның жылдық мөлшері 400 мм-ге жуық.
Марқакөл қорығы – жан-жануарларларға аса бай, көркіне көз тойғысыз Оңтүстік Алтай алќабыныњ биік таулы өңірі мен Марқакөл көлінің табиғатын комплексті қорғау үшін ұйымдастырылған. Марқакөл – Алтайдағы Күршім мен Азу жотасының аралығындағы терең ойпатта шалқып жатқан үлкен, мөлдір сулы, балықты көл. Оның айналасы тасты, орманды тау. Бұл көлге бірнеше өзендер мен бұлатар, жылғалар құяды. Көлдің оңтүстік жағалауы жарқабақты, ал солтүстігі - аласа, жазықтау болып келеді. Көлге айналасындағы тау-жоталарынан ірілі-ұсақты 28 өзен құйса, одан жалғыз ғана Қалжыр өзені ағып шығады.
Қорықта көптеген шипалық мәні бар жоғарғы сатыдағы өсімдіктер де баршылық. Енді солардың кейбіреуіне тоқталсақ. Самырсын немесе Сібір Қарағайы - жаңғағы жеуге жарайтын өте бағалы ағаш. Көп уақытқа дейін Сібір қарағайын жаңғақ алатын өсімдік ретінде кесуге тиым салынып келген. Өйткені оның жаңғағы 65 процентке дейін май береді. Жаңғақ тайгада нанның, еттің, жұмыртқаның орнынын ауыстырады. Жаңғақтан сібірліктер жоғары сапалы май және кілегей алған. Сібір қарағайының жаңғағы – ормандағы жан- жануарлардың тіршілік арқауы. Жаңғақ піскен кезде бұл жерге орман тышқандары, барша тышқан, самырсын торғайлары жиналып таласа- тармаса қысқы азықтарын жинайды. Самырсын көне заманнан сақталып қалған реликт өсімдіктердің қатарына жатады. Тайганың бұл бағалы ағашы көп жасайтын өсімдіктердің қатарына жатады. Дәрілік өсімдіктерден аралий мен алтын тамыр кездеседі. Жалпы Марқакөл қорығы мен оны мекендеген жануарлар әлемі ерекше қорғауға алынған. қорыҚта теңіз деңгейімен салыстырғанда 1400-1500 метр биіктікте бес биіктік белдеуі бар. Таулы тайга белдеуі, тау шалғыны белдеуі, таулы тундра белдеуі және Нивальдық (қарлы) белдеу (2800-3000 метр биіктікте). Қорықтың өсімдік жамылғысынан орманда, негізінен, Сібір балқарағайы, шырша, қайың, көктерек өседі. Қорықта жануарлар дүниесі мен өсімдіктер түрін сақтау үшін ғылыми жұмыстар жүргізіледі. Қазіргі Марқакөл қорығының табиғат байлығын, оның таңғажайып сұлу көрінісін қазақтың көрінекті жазушысы Ж.Аймауытов «Ақбілек» атты романында ерекше атап көрсеткен.
