1886 жылы ол Омбыға келіп, жергілікті 4 жылдық техникалық училищеге «пансионер» болып қабылданды. Ол 1890-1894 жылдары Санкт-Петербургтегі Орман институтының экономика факультетінде оқыды. Осы жылдары ол барлық студенттік қозғалыстарға белсенді түрде араласып, әсіресе солшылдардың көзқарасына бейім болды. Ә.Бөкейханов Ресей жандармерия басқармасының назарына алғаш рет студенттік жылдары-ақ ілігіп, «саяси сенімсіздердің» қара тізіміне алынды. Әлихан бұл тізімнен патша өкіметі күйреп, Кеңес өкіметі орнаған жылдары да – 1937 жылдың қырқүйегінде «халық жауы» болып атылып кеткенге дейін де шыққан жоқ.Аталмыш оқу орнын ойдағыдай бітіріп, Әлихан Бөкейханов 1894 жылы Омбы қаласына қайта оралады. Келісімен Омбы қаласындағы орман шаруашылығы училищесінде математика пәнінен оқытушы болып қызмет істейді. Осы жылдары социалистік бағыттағы «Степной край» газетінің қызметіне белсенді түрде араласып, оның редакция алқасының құрамына кірген.Әлиханның Омбыдағы жылдары оның көрнекті қоғам, саяси қайраткер ретінде де, педагогтық, ғалымдық, әдебиеттанушылық талантын жан-жақты ашып берді. Ол қазақ халқының тұрмыс-тіршілігін, мәдениетін, шаруашылығын, төрт түлік малын, жер-суын жан жақты зерттеген санаулы ғалымдардың бірі.
