1. Тірі және өлі микроорганизмдердің ДНҚ амплификацияланады. Бұл емнің тиімділігін бақылау үшін ПТР қолдану кезінде белгілі бір талаптарды қояды.
2. Жоғары сезімталдық. Адамдарда бірқатар микроорганизмдер (шартты түрде патогендік флора, УПФ) қалыпты жағдайда аз мөлшерде болуы мүмкін. ПТР әдісін қолдана отырып, тіпті патология болмаса да, УПФ ең аз мөлшері де анықталады.
3. Әр түрлі тест жүйелерін қолданудағы айырмашылықтар. Жоғарыда айтылғандай, амплификация үшін патогендік геномның қоздырушы әртүрлі бөлімдерін қолдануға болады. Алайда, микроорганизмдердің әртүрлі мутациясы жағдайында гендердің өзгеруі немесе жоғалуы мүмкін.