Өсімдік жамылғысы. Рекреациялық ресурстарының сапасына және оны пайдалану түрлеріне өсімдік жамылғысының маңызды әсері бар. Облыстың өсімдік жамылғысы өте түрлі болып келеді, шамамен 1,5 мың түрі бар. Жазықтықтарда шөлді өсімдіктер басым болады. Қаратаудың солтүстік-шығыс беткейі тау етегінде пролювиалдық жазықтықта боялыш пен жүсан басым болады. Жазықты жерде бұталы өсімдіктер көп кездеседі – сексеуіл, жүсан, Коноллидің құмды қарағаны (құмды акация), жүзгін, оңтүстігінде жүсанды-эфемерлік өсімдік дала дала өсімдігіне ауысады. Сырдарья аңғарында жүсанды-солянкалы өсімдіктер басым. Ал, өзенге жақындаған сайын қамыстық және тоғай өсімдіктері көбейеді (жіде, қамыс, шенгел, тамарикс, тораңғыл, тал т.б.)
Таулы аудандарда биіктік зоналылық айқын байқалады. Теңіз деңгейінен 500 – 700 м биіктікке дейін (Батыс Тянь-Шань тау алды) эфемерлік әртүрлі шөптесін өсімдіктерден құрылған шөлді өсімдіктер басым болады (мятлик луковичный, осочка пустынная). Сайлардың көлеңке беткейінде ерте шығаты астық тұқымдастар көріне бастайды (пырей пушистый, ячмень луковичный, бородач), ал 800 м биіктікке дейін олар басым болып бастайды. Беткейдің 800 – 1000 м ден 1300 – 1500 м биіктікке дейін аралықты (пушисто-пырейные) дала алып жатыр, одан жоғары астық тұқымдас-әртүрлі шөптесін таулы дала белдеуі орналасқан. Солтүстік беткейде осы биіктіктерде ағаштар бұталардан тұратын тоғайлар тараған (жаңғақ, алша, өрік, алма, боярышник т.б.). 2200 – 2400 м биіктікте қүрғақ аршалы сирек ормандар мен бұталар зонасыорналасқан. Одан жоғары, 2800 – 3000 м биктікке дейін аласа шөпті субальптік шалғынды-дала басымболады (типчак, тонконог, овсец пустынный и азиатский, тиомфеевка степная и альпийская т.б.). Шалғынды-дала зонасында шоқ-шоқ болып әртүрлі бұталар кездеседі (түркістан аршасы, шиповник, барбарис, жимолостьмелколистная т.б.) 2800 – 3000 м биіктіктен 3600 – 3800 м дейін аласа шөпті өсімдік жамылғысы сиректелген альптік шалғын-дала орналасқан (типчак, овсянница Крылова и альпийская, овсец пустынный и азиатский, мятлик альпийский и голоцветный т.б.). Таудың ең биік жерінде (абсолюттік биіктігі 3600 – 3800 м) өсімдік жамылғысын мүк, қына қабаттары құрайды.
Қаратаудың оңтүстік-батыс беткейдің өсімдігі Батыс Тянь-Шань таулы жоталарының өсімдігінен айырқша болады. Қаратаудың жайпақ төмен тау алды эфемерлік шөлді өсімдіктерімен жабылған, 500 м биіктіктен жүсында-астық тұқымдас өсімдіктеріне ауысады.