Арнайы медициналық топтарда (денсаулығына байланысты, әр деңгейдегі оқушылармен) сабақ ұйымдастыру Жүйелі түрде жүргізілетін және ғылыми негізделген педагогикалық бақылаудың арқасында ғана дене шынықтыру балалар мен жасөспірімдердің денсаулықтарын сақтау мен нығайтудың, олардың физикалық дамуын жақсартудың тиімді әдісі бола алады. Осыған байланысты дене шынықтыру пәнінің мұғалімі физикалық жаттығулардың өсіп келе жатқан ағзаға әсері туралы жеткілікті деңгейде хабардар болуға тиіс. Сонымен қатар, дене шынықтыру пәнінің мұғалімдері өздерінің педагогикалық әдістерін бақылап, оларды оқушылардың анатомиялық-физиологиялық ерекшеліктеріне сәйкес өзгертіп отырулары тиіс.
Арнайы топтағы оқушылар үшін дене шынықтырудың басты міндеттері төмендегілер болып табылады:
салауатты өмір салтын насихаттау, сонымен қатар, оқушылардың физикалық даму процесінде көмек көрсету құқықтарын білуі;
оқушыларды өздігінен денені шынықтыратын іс-әрекеттерді жасау және оны күнделікті өмірде қолдануға тәрбиелеу;
барлық оқушылар үшін тиімді жұмыс істеу жағдайларын жасау.
Арнайы медициналық топтағы оқушылардың шалдыққан сырқаттарының ауырлығына және сипатына байланысты дене шынықтыру сабақтарында дифференциалды оқыту үшін оларды А және Б кіші топтарына бөлу ұсынылады.