Консерві өндірісіндегі санитариялық-гигиеналық бақылаудың негізгі түрі микробиологиялық тексеру болып табылады. Ол үшін бір сменада және біртекті қалбырға дайындалған өнімнен 2-3 қалбыр сынама алынады. Егер жұмыс жағдайы біркелкі болып, консерві дайындаудың технологиясы бұзылмай, зарарсыздандыру жұмысы дұрыс жүргізілетін болса тексерудің нәтижесі сол сменада дайындалған, бір сортты бірдей қалбырдағы, бір атаудағы консервілердің бәріне қатысты деп есептелінеді. Ал жұмыс жағдайы өзгеріске ұшыраса немесе автоклавта бақылаудағы шартты көрсеткіштерден ауытқығаны байқалса сол автоклавта болған консервілерден 50 қалбыр алынып 370˚С 10 күн бойы термостатқа қойылады. Осы уақытта консервілердің ісінуі немесе басқа да ақаулар байқалмаса, осы 50 қалбырдың ішінен 3 қалбыр микробиологиялық тексерілуге алынады. Балық шаруашылығының жаулары түрлі ауру қоздырушылары, сонымен қатар су көздерінің өндіріс қалдықтарымен ластануы, су жыртқыш балықтары мен құстары, абиотикалық және биотикалық факторлар және балық өнімдері үшін әртүрлі жәндіктердің дернәсілдері, т.б.