Тақырып. М.Қ. Қозыбаевтың ҚР ҰҒА Ш. Уәлиханов атындағы Тарих және этнология институтының басқарушысы ретіндегі қызметі Академиялық ғылымының білім саласымен дәстүрлі байланыстарын дамыта отырып, М.Қ.Қозыбаев орта мектептер мен жоғары оқу орындарына арналған оқулықтар мен оқу құралдарын шығарды.(«Қазақстан тарихы»IX сынып оқулығы.А.,1991-2001; «Қазақстан тарихының хрестоматиясы».А.,1994: Соңғы алты жылда оның басшылығымен Ұлы Отан соғысында қаза тапқандар туралы 60 томнан асатын «Зерде кітабы»,саяси қуғын-сүргін құрбандары туралы 5 томдық «Азалы кітап», мектеп оқушылары мен көпшілік қауымға арналған «Иллюстрированная история Казахстана» басылып шықты. М.Қ.Қозыбаевтың көптеген еңбектері ТМД елдері халықтарының тілдеріне аударылған, сонымен бірге АҚШ-та, Ресейде, Қытайда, Болгарияда, Германияда, Украинада, Америкада, Молдавия-да,Жапонияда, Иранда және т.б. елдерде жарық көрді.
М.Қ.Қозыбаев басқарған институт Ресейдің, АҚШ-тың, Қытайдың, Жапонияның, Ұлыбританияның, Германияның, Түркияның және басқа да елдердің ғылыми орталығымен тұрақты ғылыми байланыс жасап келеді. 1995 жылы М.Қ.Қозыбаевтың басшылығымен Қазақстанда тарихи сананы қалыптастыру тұжырымдамасы әзірленіп,оны Қазақстан Республикасы Президенті жанындағы Мемлекеттік саясат туралы Ұлттық кеңес бекіткен болатын. М.Қ.Қозыбаев ірі ғалым болуымен бірге ғылыми-педагогикалық жұмыстарға да көп назар аударған. Ол талантты ғалымдардың тұтас бір шоғырын тәрбиелеп шығарды. Оның жетекшілік етуімен 86 ғылым кандидаттары мен докторлары әзірленді.
1970-1980 жж. М.Қ.Қозыбаев профессор ретінде Әл-Фараби атындағы ҚазМУ-де дәріс беріп, аспиранттар мен докторлардың ғылыми жұмыстарына жетекшілік етті.
Сөйтіп М.Қ.Қозыбаев тәуелсіз Қазақстан тарихының өзекті мәселелерін зерттейтін ғылыми мектептің негізін құрды.
Академик М.Қ.Қозыбаев көп жылдан бері Ш.Ш.Уәлиханов атындағы Тарих және этнология институты жанындағы докторлық диссертация қорғайтын Ғылыми Кеңестің төрағасы, тарих ғылымдары саласындағы проблемалық ғылыми-үйлестіру Кеңесінің төрағасы, Мемлекеттік ономастикалық коммисия мүшесі қызметерін атқарды.
1998 жылдан бері М.Қ.Қозыбаевтың басшылығымен қазір Қазақстанға ғана емес, шетелдік ғылыми қауымға да кеңінен таңылған арнайы ғылыми басылым «Отан тарихы» журналы шығарылып келеді. Академик М.Қозыбаев үн қатпаған тарих және қазіргі заманға қатысты қандай да болмасын өткір қоғамдық-саяси мәселе жоқ сияқты. Оның мерзімді баспасөз бен бұқаралық ақпарат құралдарындағы өзекті ғылыми және публицистикалық мақалалары мен сөйлеген сөздері кеңінен танылып, жұртшылықтың шынайы ілтипатына бөленді.