Микроағзалардың фиксацияланған (бекітілген) препараттарын дайындау. Жұғындыны дайындау үшін заттық шыныға су тамызып, бактериологиялық ілмекпен микроб жасушасын салады. Суспензия қою болса оны сұйылту керек. Ол үшін қою суспензияның бір тамшысын екінші зат шынысына су тамызып соған езеді. Жұғындыны спиртшам жалынында кептіреді, яғни, препаратты фиксациялайды. Фиксация кезінде микроағзалар өледі де, шыныға жабысып қалады. Фиксацияланған жұғындыдағы жасушалар оңай боялады. Жұғындыны бояу үшін көбінесе метилен көгі мен негізгі фуксин қолданылады. Фуксинмен бояса 2-3 минут, ал метилен көгімен бояса 3-4 минут ұстайды. Уақыт өткен соң бояуды жуады, да су тазарғанша шаяды. Сүзгіш қағазбен шыныны сүртіп кептіреді, ал жұғындыны ептеп сүзгілі қағазбен жабу арқылы дегдітеді.
Фиксациялау дегеніміз микроскоппен қарайтын тірі объектіні алдын-ала тез өлтіруді айтады. Сонда жасуша ішіндегі заттар бүлінбей сақталып қалады.
Препаратты бояу. Жұғындыны бояу үшін препаратты қысқышпен қысып, жұғындыға бірнеше тамшы бояу тамызады. Бояудың түрі мен зерттеудің мақсатына байланысты бояу уақытының ұзақтығы 1 — 5 минутқа, кейбір жағдайларда 30 минут және одан да көп уақытқа созылады. Бояудың соңында препаратты сумен шайып, сүзгі қағазымен артық суды сорғытып, кептіреді және микроскоптан қарайды.
Жай және дифференцияланған бояу әдістері бар.
Жай бояу кезінде қандай да бір бояудың түрін қолданады, мысалы, метилен көгі, фуксин, сілті немесе карбол ерітінділеріндегі генициан күлгіні. Бұл жағдайда жасушаның бәрі боялады.
Дифференцияланған бояуда жасушаның жекелеген құрылымдары әртүрлі бояумен боялады. Мұндай әдіске бактериялардың клета қабығын Грам әдісімен бояу, спораларды бояу және т.б. жатады. Микроағзаларды бояу үшін қышқылды немесе негізді бояулар қолданылады. Біріншісі табиғаты негізді заттармен, екіншісі —табиғаты қышқылды заттармен реакцияға түседі. Себебі ақуыздың құрамында негізді де (NH2-) және қышқылды да (СООН-) радикалдар бар, жасуша құрылымы бояудың екі түрімен де жақсы боялады.
Негізді бояулардың ішінде микробиологияда көбінесе қызыл түсті — бейтарап қызыл, сафранин, фуксин, гематоксилин; көк түсті — виктория, метилен көгі; күлгін түсті — генициан күлгіні, кристалл күлгін, метилен күлгіні; жасыл түсті —жасыл янус, метилен жасылы, жасыл малахит; қоңыр түсті — везувин, хризоидин; қара түсті —индулин қолданылады. Қышқыл бояулардан қызыл және қызғылт түсті — қышқыл фуксин, эритрозин; қара түсті — нигрозин; сары түсті —конго, пикрин қышқылы, флуоресцинді қолданылады. Негізді бояулар нысананы сілтілі орталарда, қышқылды бояулар — қышқыл орталарда қарқынды бояйды. Қышқылды немесе негізді бояулардың ерітінділерін ажырату үшін оларға сүзгі қағазын батырады. Олар теріс электр зарядталған болады. Негізді бояу ерітіндісінде оның бояу қабілетін анықтайтын катиондары қағаздың теріс зарядымен бекітіледі де, қағаз бойымен тек су жайылады (түссіз жолақтар түрінде). Егер ерітіндіде қышқыл бояу болса, оның аниондары қағаздың бойымен көтеріліп, оны бояйды.
Бояуларды позитивті және негативті деп бөледі.